这一信号，给天下臣民指明了一条道路，那就是皇上要尊道抑佛了。
降圣节之后，皇帝谕旨，裁并天下佛寺。天下各地上州留寺一所，若是寺院破落不堪，便一律废毁；下州寺院全部拆废，不许重建。
人口过五十万的城市允许保留十寺，每寺留僧三十人。天下各地拆废寺院和铜像、钟磬，所得金、银、铜一律交付官库，铁则交付本州铸为农器，还俗僧侣各自放归本籍充作百姓，不许入道教修行。如非大明僧人，送还本处收管。
禁止私自出家；订立严苛的出家条件，并规定必须在京师的戒坛受戒，否则无效；不许创建寺院或兰若，违反的僧尼，课以严刑；未受敕额的寺院，一律废毁；民间的佛像、铜器，限五十日内交由官库，如果私藏五斤以上的，即构成刑事。
朱允炆借助战事的爆发，迅速的抑制佛教以及其他教派的扩展，奉道教为国教，同时由于《道藏》在蒙元时，除了《道德经》之外，基本道教经典都被焚毁。又命令张宇初、张宇清、周玄朴为首的正一教、全真教等道教宗派开始编修《道藏》。以为依据。
这个举动，遭到了一些佛教信徒的抵制，作为朝廷礼部所管辖的僧录司，受到了来自于全国各方面的压力，特别是以先皇就曾经出家为由，对于皇上的这次决定感到不满，不过也的确无法指责，朱元璋曾经在皇觉寺出家的事情天下皆知，自己登基却要抑制佛教，基本有些说不过去。
于是，大明首次的佛道争辩实施就势在必行，对于此，朱允炆有些担心，因为蒙元时期的抑制道教，忽必烈曾经诏谕天下：焚毁除《道德经》外所有的《道藏》伪经。诏令下达第三天，《道藏》所谓的伪经全部集中到悯忠寺，在朝廷官员和佛教四众弟子的监督下全部焚毁。
所剩下的道家典藏本来就已经不多了，总不能让张宇初等人靠着《道德经》去和佛教辩论吧。
朱允炆这才发觉自己忽视了佛教千余年来积累的底蕴，已经渐渐的在民间甚至官府有了一定的影响力，再加上蒙元时期的可以宣传，暗藏在里面的力量不可小看。
但是佛道之争辩势在必行，自己作为皇帝，也不能太过于表面上偏袒，于是下令张宇初首先搜寻《老子化胡经》的下落，首次争辩就从其的真伪上展开，另外，抛出门户派别之见，集合道教所有力量全力编撰道藏。主张吸收全真的教戒，提倡艰苦俭朴之风，以达到振宗兴教的目的。认为修道之士应以戒行为先，远离尘俗，草衣木食，以真功苦行磨励身心，宫观要加强管理，住持以精严戒行而服为，不得结交权贵、干预公事、私蓄俗眷。
道藏按照张宇初的建议，以三洞、四辅、十二类的分类进行编撰，采用《千字文》为函目。三洞即洞真、洞玄、洞神三部，系承袭陆修静《三洞经书目录》题名。
四辅即太清、太平、太玄、正一的总称，是对三洞的解说和补充。据《道教义枢》及《云笈七签》的记载，太玄为洞真经之辅；太平为洞玄经之辅；太清为洞神经之辅；正一部通贯三洞和三太（即太清、太玄、太平），遍陈三乘，为以上六部之补充。
三洞之下各分十二类,总为三十六类经,亦称三十六部。即本文类：经教的原本真文；神符类：龙章凤篆之文，灵迹符书之字；玉诀类：对道经的注解和疏义；灵图类：对本文的图解或以图像为主的著作；谱录类：记录高真上圣的应化事迹和功德名位的道书；戒律类:戒规、科律的经书及功过格；威仪类:斋法、醮仪及道教科仪制度的著作；方法类：论述修真养性和设坛祭炼等各种方法之书；众术类：外丹炉火、五行变化和一切术数等方术书；记传类：众仙传记、碑铭及山渎道观的志书；赞颂类：歌颂赞倡的著作，如步虚词、赞颂灵章、诸真宝诰等；章表类：建斋设醮时上呈天帝的章奏、青词等。
务求在三年之内编纂完成，届时无论是日本战事，还是帖木儿、朱棣等北方事务都基本会有个结果，民众的注意力自然会回到这些琐碎小事上来，对于佛道之争的结局也肯定会更加关注了。
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