足利义持将这支武士组成的敢死队称为“神风队”。希望这种威力奇大的火药能像上次的神风一样护佑着他们。
这种袭击也给大明军队带不来什么大的伤害。因为只是小打小闹的，最多会让征日大军出入更加小心一点，对于这些伤亡几乎可以忽略不计，耿瓛等将领本来就没有放在心上。任你背着火药包跑来跑去，开始还吃点小亏，但是到了后来干脆就见了草丛或者不正常的日本人就是一阵乱枪。越来越让其靠不近身来，神风队能起到的效果自然也越来越差。
日本仍然在坚持，此时已经有很多大臣已经开始向足利义持施加压力，要求再次和明军展开和谈，甚至就是把九州、四国等已经沦陷的岛屿割让给大明也可以，而有的大臣，此时想起了朱棣的邀请，对于日本这个避无可避的岛国，要求足利义持请求朱棣的收容。
二十多岁的足利义持的威望当然不及其父，这般大臣看着足利义满的病重，竟然要求幕府还政后小松天皇或者后龟山天皇。
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时日本也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象--人们称这种现象为“下克上”。
例如，日本南北朝时，北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土歧赖。上皇的近臣喝道：“上皇圣驾到此，快快下马！”土歧赖闻听非但没有下马，反而大怒道：“你说清楚是院驾还是犬驾（日语中‘院’与‘犬’读音相近），若是犬驾，就射他一箭。”说着，真的拔箭而射。他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉，把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。事后，土歧赖被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。
有人说：“如果没有天皇不行的话，就用木雕一个，或以金铸一个，把活的天皇流放天别的地方去，省得惹麻烦。”有人哀叹道：“凤凰生末世，落魄亦堪悲；雉鸡遭野火，被逐无巢归。”这时，天皇朝廷势力式微，形同小诸侯一般。
而后龟山天皇，此时也在京师，当初日本南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，不断地进行着努力。
足利义满在时他们还在暗中进行，但是现在足利义满病重，足利义持年轻，而日本又遭到即将被灭国的危险，南朝的皇室后裔和臣子们也在不断的准备着将幕府推翻的打算。只是时间没有到而已。
有大明水师的协助，征日陆军推进的很快，日本瞬间陷入了崩溃的边缘，大军一直往北攻去，不出旬月。就行军至距离京都百余里的地点。由于后方战线拉的过长，而逃到各处的日本武士又颇为难缠。经常出其不意的从树林或者是山坳中跳出偷袭，杀了人立即有遁入山中林中。
为此不得不驻扎下来，清扫残余的日本武士，才能使日本北方获得片刻的喘息之机，但是京都已经是一片慌乱，天皇和幕府终究不敢再留在京都，已经商议前往奈良，坐船赶往位于神奈川县镰仓暂时避祸。一时间，京都内人心惶惶，很多武士为幕府的这一举止感到耻辱。
足利义满怎么也想不到，他一直和大明保持善意，就不同意同大明为敌，还不惜以囚犯充当倭寇送到大明表示诚意，大明的皇帝从那里来的恨意呢。现在只能逃到镰仓足利满兼的地盘上寻求庇佑，这个时候，足利义持才感觉到事情的不妙，一面号召各路诸侯勤王保护天皇，一面开始遣使往朝鲜，希望能寻求援兵。
日本天皇和足利幕府决定往镰仓方向暂避的决定，的确做的时机不是很好，严重打击了日本的军队的士气，可是这个决定做的也是十分艰难。第一，各守护国现在依然为着自己打算，虽然派出了部分兵力，但是绝对精锐还是留在了自己的地盘。
还有一条，今川了俊在足利义满病危的情况下，坚决的从镰仓赶来，要求天皇往镰仓暂避，有没有私心先不说，其中有一条，就是想用距离拉长明军的战线，意图各个击破。这一条得到了大家的一致认同，所以也顾不得名誉问题了。
他们认为，日本人民还是会拥护天皇的存在，只有最大限度的拉长战线，才能寻找机会，那时候民众都会被调动起来。届时在给明军致命一击，只要失败一次，大明征战在外的势头就会减弱，再来侵略日本就很难了。
他们是这样想的，就这样做了，使大明不费吹灰之力进入了京都，控制了附近地区后，想皇上以及参谋部请示下一步的行动。
而南京，在建文九年初，也出现了一件十分意外的事情。二月二十日朝会，皇帝在朝堂之上宣召了张宇初、周玄朴等十二名道教名宿，重新钦定了降圣节的合法化，降圣节是唐武宗将道教太上玄元皇帝老子李耳的降诞日，也就是二月二十五定为降圣节，全国休假一天；在钟山设道场，修筑望仙台待秋后大祭。
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