建文二十九年，也就是举国庆贺了皇帝的五十大寿之后，大明朝野之间掀起了一阵改制的浪潮，这让期待已久，思想上已经渐渐松懈的群臣有些措手不及。
首先皇帝拿六部开刀，在军镇军制的稳定前提下。朱允炆彻底的将兵部撤出六部的序列，然后增加一个商部。
那么新的六部就由吏部、户部、礼部、商部、刑部、工部组成，将兵部与参谋部合并，组成了军务院。至此以来，大明的军政完全分开，参谋部原本就是有五军都督府改制而来，储备了大量的武臣元勋和沙场故将，是绝对的参谋人才基地，和兵部又合二为一成为军务院之后，变成了垂直的军事部门。
朱允炆以皇帝的身份领军务院院长之职，立下训斥，言明军务院院长必须由皇帝本人担任，不得假手于人。尽管总结过历史的朱允炆心里也明白，说不定过不了几代皇帝后，自己的训斥就等同一张废纸，但是这个规定还是要说出来。
因为至少就朱允炆所知道的历史时间段内，军事力量还是左右着政治的发展。所以军权在谁的手中，还是决定了一个朝政的走向，将军政彻底分开之后，朱允炆大力提高了六部的权力，六部尚书在建文初期，由方孝孺负责更改官制的时候，就是一品官衔，已经位居极品不能再往上升了，所以这次的改制中，皇帝只是提高了六部的权力。
都察院、翰林院和大理寺职责也重新交与立法院议定，看样子朱允炆是想将其完全打造成监察部门。其中也要消除掉多少权力重合之处，就不必多讲了……。
反正风闻皇上要整肃朝纲，原本各个大臣都以为是要以反贪为主的整肃开始，因为这是一个极为能得到民心的理由，但是谁也没没有想到会以更改官制作为开始，一时有些手忙脚乱起来，各个派系之间也骚动一番。
方孝孺此时已经陷入了老迈，一直在北平悬而未决的佛道置辩已经牵涉了他大部分的精力，所以一切事情都要有其子方中仁为主展开应对，同样，恢复自由之身的解缙等人迅速的和在西北的二皇子展开了联系，以期在这次的更改官制中把握到要害部门。
三皇子朱文宇并不像是两个哥哥那样着急，在福州的日子，脱离了那个高高在上的父皇，他的心绪才逐渐得到了安宁。说一句心里话，朱文宇并不是惧怕父皇，相反，在他的心里充满着对父皇的崇拜。
可能也就是因为父皇的改不可攀，才造成了他的沉默。一切事情好像都和他没有关系似得，就算是他的外公杨杰等人的筹谋，他也仿佛置身事外，好像一点也不关他的事情一样。
朱文宇心里十分清楚外公等人的一举一动，对于自己的支持，朱文宇本来应该高兴，但在他的心里总有一种傀儡似得感觉。他不明白事情怎么会到了这个地步，他也不明白父皇怎么会允许这种事情的发生，所以他只能保持沉默。
就性格而言，就连朱允炆也不得不承认，自己的小儿子是最像自己的人。也可能是他多和杨蝶交流而潜移默化了朱文宇，于是让这个年轻人包含着心事，一副小大人的模样，但是几乎对于任何事情都了然于胸。
朱文宇知道，父皇这样做如果不是另有深意的话，那就是十分欠妥的举动，任由大臣们在私下争斗是有伤国本的，至少也是党争的开始，而且各系大臣所打的旗号却又是自己亲兄弟三人，对于皇室的内部也是一个不利的因素。
那是为什么呢？父皇为什么这样做。朱文宇不知道，他不敢去问，也不敢去管。不过纵然他有这个胆子，也没有这个时间去操心。将其派遣到福州，自然有朱允炆的道理，皇帝要利用永嘉、永康学派在商贾心中的分量，在江南各地成立商会，以规范商贾们的行为。
为管理繁荣的国内商业和开展与印度、东南亚的贸易，在大明中部港口和广州地区形成了强大的商会。这些商会在接触欧洲商人的过程中，吸取了佛兰德尔的行会和佛罗伦萨的技术协会的经验，并结合大明的实际情况，组成了各行业、各地区的商会组织，庞大与正规的程度佛兰德尔的行会和佛罗伦萨的技术协会相比，甚至还超过它们。
大明宝钞的普遍使用便利了商业交流，欧洲的商人们都称纸钞为点金石。令他们不可思议的感觉到，这些薄薄的纸张竟然可以像使用金子似地毫不困难地用它们来做买卖。大明人强烈的商业意识也令世界各地的人惊诧。
在这种商业气氛的带动下，从印度回来的船只满载着香料、胡椒、生姜和肉桂；或载着稻米的帆船沿长江顺流而下，或沿大运河逆流而上；杭州或泉州的商店内，贵重货物琳琅满目，有生丝、锦锻和锈花织锦，以及有特殊图案的缎子等等很多很多。
大明的的主要市场也逐渐趋向正规和界限分明，北方丝绸中心是以北平至太原一线为主；成都府生产薄绢，并将这种丝织品出口到中亚；安庆或开封和苏州生产金布；扬州是长江下游的最大的稻米市场。
最繁忙的地方本来是杭州，但是在大明国策的带动下，逐渐南移至福州、泉州和广州一带地方。因为它现在与大明的一切贸易联系起来，商业贸易还获得了发展。比如说福州。首先是作为最大的食糖市场而提到它。无数的船只把印度和东印度的香料带到福州，又从福州把全国各地云集而来的丝织品带到印度和***世界。
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