踏着威尼斯商人的足迹，西方传教士也蜂拥而至。建文十五年，大明全面开放海禁，基督教会的传教士经过千辛万苦之后终于抵达距广州。设法向中国内地渗透。建文十六年，得到皇帝的批准，进入中国内地，在广东肇庆天宁寺居住，正式传教。
他们怀着对宗教的狂热，极快地熟悉了大明，并适时地变通其传教原则，因而得以在大明长期居住和传教。传教士一般都受过良好的教育，具有极高的科学素养，能解释一些中国人尚未知道的事物，轻而易举地震慑了大明之人，这也是朱允炆允许其进入内地进行传教的原因，因为这些传教士知道的虽然不会比他多，但是传播速度却远远高于他这个大明皇帝的教谕。
特别是关于欧洲和大明之间隔着无数海陆地带的解释，有效地化解了大明对欧洲的恐惧。使大明的官员和文人很容易地相信他们是善良和有学问的人。当时文人、学士纷纷信其说，投刺交欢，倒屣推重，倾一时名流。
传教士在向大明传递西方文明的同时，也对中国固有的文化成就表示极大的尊敬，他们真诚地希望能从与中国正常的文化交流中获益，使欧洲文明获得更大的进步。朱允炆投其所好，正好让道教和基督教派进行交流，以完善道教的发展体系。在基督教会进入大明的同时，道教作为交换，也开始陆续进入中亚等地区进行传教，在短短的十年期间，也到过欧洲一些地方，获取了大量的资料。
作为西方传教士，他们当然也极容易地看到儒学的缺点和内在不足。早期传教士普遍认为，中国固有文明的精华无疑只在于早期儒学，孔子所开创的道德哲学是世界上其他民族无以伦比的，在一定意义上可以弥补欧洲文化之不足。
不过，他们也指出，由于儒家早期道德哲学主要是着眼于个人、家庭及整个国家的道德行为，以期在人类理性的光芒下对正当的道德活动加以指导。
在传教士看来，就人类认识发展的一般规律而言，早期儒学的基本精神与基督教文明并无二致，儒家经典中的“天”，与基督教中的“上帝”具有同一的内涵和外延，都是唯一的至高无上的创造者和主宰者，是全知全能全在的，是无始无终的，是善恶的审判者与赏罚者。
从尧舜禹汤文武周孔以来圣圣相传的“尊天、畏天、事天、敬天之学”和基督教的基本精神是一一相符的，都是人类精神的最高升华。然而他们在研究了到当时为止的整个中国儒学史之后也明确指出，基督教文明与中国儒学的一致性，仅仅在于早期儒学，并不包括汉代以后的异端思想。他们认为，先儒是真儒，后儒是伪儒、俗儒或拘儒。后儒不察正理，专于虚句，而曲论古学之真意，虽与佛老不同，实则殊途而同归。
基于对先儒、后儒的区别，这些传教士一般主张，中国文化的发展应该是批判后儒而退于先儒，迸而再通过对先儒精义的阐释与重建，最终达到超儒，以建立中国文明的新体系。
因此，这些传教士心目中提倡的儒学概念和方孝孺等人的复古学派概念基本一致，但是传教士们对汉以后的儒学进行了严厉的批判，以为汉以后的儒学，特别是宋明时期的道学，溺于佛教与道教的“邪说”，以形而上的手法，将反映皇权和家统意识的“天理”、“太极”取代“天”和“上帝”，这就不仅和基督教的“创世记”观点相矛盾，而且也与先儒的观点相冲突，势必混淆自然世界与超自然世界之间的区别。
关于这一点和方孝孺等人所倡导的复古学派有了冲突，方孝孺等人学习的正是两宋时期发展的理学，怎么会和这些红毛绿眼的怪人走到一起呢？
但是朱允炆心中就是想把这水给搅浑，在暗中支持着基督教的超儒论调，因为他知道无论是复古派还是激进派都有着良好的底蕴和基础，但是基督教所提倡的超儒论调却是一个新生事物，很容易引起复古、激进两个学派的围攻，以至于夭折，所以他一直在暗中支持者超儒学说。
朱允炆派遣了很多容易接受新生事物的年轻人跟随这些传教士进行探讨、学习。在排斥后儒的同时，对先儒的理论也作了相当的修正。争取将其融合为自己本土的学说之中，省的被外人所乘。
传教士的这些努力，在一定程度上取得了预想的效果，他们不仅在不太长的时间内“归化”了成千上万的中国老百姓，而且受到了中国官僚阶层的广大知识分子的普遍欢迎。十余年的时间，大明上下的信徒呈几何状的增加。
其中在朱允炆的授意之下。接受基督教信仰的人就不在少数，传教士对先儒后儒的区别，特别是对后儒的抨击正符合大明现在的学术潮流，因而极容易在官吏、士子阶层引起共鸣。
儒家学术发展到现在，几经变迁，已和原始儒学有较大的差异。正如传教士所分析的那样，两宋儒学吸收了佛道二氏的思想因素，试图以太极、天理取代早期儒学中天的观念；在学术风气上，愈发使本来就不讲究逻辑规则的儒学变得更加空疏。
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