锦衣卫现在设有指挥使一人，正三品，同知二人，从三品，佥事二人，四品，皆为指挥使副手，平日分管四局工作。
镇抚四人，五品，十二所千户十二人，五品，下属有将军、力士、校尉，另有精通多国语言的翻译，经历司经历一人，五品。
京师中百姓闻听锦衣卫之名，显示喧嚣议论了一段时间，后来看到并未出现想象中的那般威势慑人，或者是衙门成立之初的雷厉风行。也慢慢的遗忘了。
同月，大胜关军校建成完毕，帝亲笔书：“大明军事学院”之名，以示注意。并诏命耿炳文为第一任院正，冯胜、傅友德以国公之尊，不适宜正式任职，但兼任训导，没人每年必须在学院常驻二个月，季节不限。
耿炳文奏请学生来源，诏曰：“暂时从各卫所副千户、试百户中抽取七成，其余三成以所指定保举法中，各官员保举之人充数。逾期不到、或者中途退出者，追究保举人责。”
此时，京师中已经人满为患，各地官员和京师五品以上官员保举之人已经有二千余，听到这个消息，以为凭自己胸中所学，必遭大用的文人个个叫苦不迭，但是害怕保举自己的官员受到连累，只有咬牙忍耐。
安定了这一切，朱允炆才腾出手来，将内厂再次归入自己麾下，由叶孝天主内，傅雍主外的内厂模式开始形成，原来四个处不变，杨蝶被抽出，任内廷女史，宫正司正五品宫正，掌管内廷女官的“六局一司”。而杨杰取而代之，主掌参谋处。
在没有搞明白杨杰真正的目的之前，朱允炆对其还是不愿意公开的使用，毕竟，一上朝堂，以杨杰的能力就可以纠集一方势力，这正是作为皇帝最为顾忌的。而朱允炆早就筹备的审计司，却因为即位时间太短，官场人心不稳的因素，犹豫了很久，还是暂时放下了。
没有想到种下的是芝麻，收获的却是一个西瓜，齐泰为人本来就细心周到，虽然开始就任之初，以文人自居的他，被安插个军职。还是之前被自己所不齿的锦衣卫指挥使。而且，在皇帝登基之初，大家都认为齐泰是接任兵部尚书的最佳人选，而兵部侍郎是正三品，锦衣卫指挥使也是正三品，如此以来，齐泰以东宫旧属之身，只是平调，虽然比之兵部侍郎显得手中有了实权，但却没有兵部侍郎管辖的范围广泛。
连朱允炆也有些担心齐泰会不会心里感觉不甘的时候，齐泰却是兢兢业业受皇命行事，拿出一种要做就做好的势头，在三个月内，调动了所有可以用的力量，按照皇帝的意思，先拿朝鲜、日本等东面等国作为试点对象，在九月，发生了一件比较轰动的事情，终于使朱允炆明白了那迁往北平的江南富户所组成民团动向。
洪武三十一年九月，权知朝鲜国事李成桂因年迈生病，其五子靖安君李芳远，早就因其父立幼子为继承人积怨成恨。趁机发动政变。
当时李成桂正在病中。李芳远的府邸在汉城俊秀坊，坐落在景福宫西门迎秋门附近。李芳远不知道从哪里请出的一支约为五千人的私兵，采取了先发制人的手段，召集私兵和守卫景福宫的禁军，杀入宫中，冲入世子东宫——资善堂，乱刀砍死了李芳硕，然后从景福宫南门杀出，袭击大臣郑道传。郑道传的家宅号为叫百子千孙堂，在汉城寿进坊。那时郑道传正在家中同世子李芳硕的丈人沈孝生进行欢谈，乱兵杀进门来，遭受意外袭击一同身亡。
掌握政权的李芳远对郑道传非常仇恨，将他的住所没收改成宫中饲养马匹的司仆寺。神德王后所生的另外一个儿子李芳蕃也同在此变中被杀，李芳远冲进宫中，宣布“李芳硕、郑道传谋反，图谋杀害王子”。在李芳远操纵下，李成桂被迫让位。神德王后康氏被李芳远从宫中赶出，搬到了判内侍府事李得芬家，随即就神秘地“因病”死去。
而失去了王后康氏和儿子芳藩、芳硕之后，李成桂患了一种象火一样堵塞喉咙说不出话的疾病。怀疑是被李芳远毒哑，事情正在调查当中。而此刻，李芳远正在收拢朝鲜国内的反对势力，试图掩盖真相，然后布置好一切后，向大明请封。
当消息被皇帝公布于朝堂之上时，引起了轩然大波，朝鲜王子公然造反，虽然不在大明境内，但是基于礼制教化都是仿大明所定，那郑道传更是和京师中不少文人有所来往，仰慕大明文化，要说他会造反，朝堂之上，十个认识郑道传的人有十个人都会说绝无可能。
期间，朱允炆特别恩准李芳果、燕王朱棣等随朝听政，闻听此时，四十余岁的李芳果虽然早知道有此结局，但是在大明百官面前被揭开，还是觉得无比羞愧。
朱允炆命百官在朝鲜李芳远派出的使节到达京师之前作出对策后，宣布散朝，意外的召见李芳果在御书房问对。
御书房中，朱允炆神情专注地翻阅奏章，御书房里静得只听见翻动纸张的声响。李芳果局促不安的看着看着，皇帝的双手在微微颤抖，抽搐的两颊如同乌云密布的天空下滚过声声沉雷。
“啪！”朱允炆怒不可遏，拍案而起，道：“李芳果，你到现在，还是不肯对朕说实话吗？你是不是早就知道了那李芳远所要做的事情？”
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