在这些来自日本国内旧武士出身的军官眼中，这片富饶的土地让这些愚昧的土人占据着实在是太浪费了。特别是他们已经获知，在这场战争结束之后，日本将会在吕宋岛上获得一片土地作为战争赔偿后，便开始有意识的对土人进行了清理。
向来自诩勇敢的邦板牙人，在装备了先进枪炮的日军面前，这种野蛮人的勇敢只会带来整村整村的灭绝。和人口数量不足的西班牙殖民者相比，日本人根本不在意是否留下一些土人来为自己耕作劳动，他们对邦板牙人开发出来的土地更感兴趣。
在连续十多个村子的被屠杀之后，邦板牙人终于意识到，和日军的凶残相比，西班牙人和中国人的统治简直可以称的上是仁慈的。邦板牙人在西班牙人和中国人之间并没有选择谁的权力，他们要么接受统治，要么选择死亡。
当日军从三个方向包围了甲万那端之后，邦板牙部族联盟的首领们终于决定向四海贸易公司投降，以获得公司的保护。只有极少数部族首领因为反对投降退出了联盟，带着自己的部族迁移到了东北方的崇山峻岭之中。
真田幸昌和毛利胜家并没有在甲万那端多加停留，他们留下了一个联队驻守此地之后，便带着主力沿邦板牙河而下，直接扑向了马尼拉湾，准备一鼓作气将马尼拉王城边上的内湖平原也拿下来。
12月份，日军2个联队2千余人首先抵达了马尼拉东北约10公里处的马里基纳河边。马里基纳河是流经马尼拉王城巴石河上游的一支分流。渡过了这条河流，南方便是西班牙人经营了上百年的内湖平原，也就是菲律宾殖民地的精华地区。
不过当日军预备搭建浮桥从此处渡河时，马尼拉城内的西班牙人终于忍耐不住了。和美洲殖民地的社会结构差不多，马尼拉城内虽然有着上万人，但是从国内而来的半岛人只有八百余人，其次是2千多土生白人，接下来是西班牙混血人口和其他欧洲人，还有为他们服务的黑奴。
和30多年前相比，马尼拉王城的人口几乎增长了十倍，这也是科奎拉总督敢于仿效前总督阿库那，试图再一次清理菲律宾迅速增长的华人人口，并企图劫掠华人财富的底气。
但是他没能想到是，和前一次毫无组织的八联华人相比，以国家为后盾的四海贸易公司，反应迅速的把一只舰队放在了马尼拉王城的门口，迫使马尼拉的西班牙军队不敢明目张胆的出击。
而西班牙人的帮手邦板牙人，在中国人的仆从军日军面前，简直就像是一群待屠宰的羔羊，不仅没能撼动公司在吕宋岛的贸易秩序，甚至连自己的地盘都失去了。
在四海贸易公司代表郭庆迟迟没有抵达马尼拉，而日军却先抵达的局面下，科奎拉不得不命令城内的军队和内湖平原的土人部族组成联军，阻止日军渡过马里基纳河南下，以等待郭庆抵达马尼拉王城进行谈判。
日军的一只联队约为1200人，其中还装备了一个炮兵中队，携带着4门六斤炮。两个日军联队约为2400人左右，而马尼拉这边出动了2500土人、800名火绳枪手和1000名日本侨民。这些日本侨民多为战国时代逃亡海外的日本武士、商人后代，他们对于现在的日本毫无感情，只是效忠于西班牙人。
科奎拉一边派出军队阻止日军南下，一边又派出了使者警告日军的指挥官真田幸昌和毛利胜家，声称内湖平原的土人叛乱已经为西班牙军队所平息，如果他们敢继续南下攻击内湖地区，就是在对西班牙王国宣战，他一定会通过向东协申诉惩罚他们的。
而且马尼拉已经和四海贸易公司代表郭庆达成了结束平乱战争的意向，只要郭庆抵达马尼拉，战争就结束了。现在郭庆已经登上了船只，抵达马尼拉不需要一周时间。科奎拉的使者质询真田幸昌和毛利胜家，他们是否打算同时挑衅西班牙王国和四海贸易公司。
西班牙人的威胁欺骗顿时让真田幸昌和毛利胜家陷入了狐疑，日军虽然在吕宋岛上连连获胜，但是两人知道他们只是在执行公司的命令而已。如果公司和西班牙人达成了什么协议，他们自然是没有勇气去挑战这个协议的。
两人商议了半天，决定还是派个人前往驻扎在马尼拉湾的大明舰队，确认公司是否已经和西班牙人达成了和平协议，至于这只军队则先停留在原地进行修整。
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