进入了锦州城内的临时大本营所在地之后，朱由检便让众人先行散去，只带着孙承宗等总参谋部的参谋们进入了官署。而海兰珠则带着侍卫们进入了后院，为崇祯安排下榻的地方去了。
坐在了官署中收拾出来的会议室之后，朱由检便要求总参谋部对整个宁锦作战进行一次详细的汇报。花费了一个多小时听完了众人的汇报之后，朱由检便不客气的对参谋们说道：“这么看来，之所以会出现宁远守军受骗出击的事情。
一是总参谋部在辽西镇推行的参谋体制没有得到落实，所以满桂将军才会轻信一个叛逃后金的军官，而不是从参谋官那里得到是否应该救援锦州的意见。
二是年初的肃反行动力度看来还不够，还不能够震慑同后金有勾结的内部叛徒，所以这些人才敢同后金勾结，蒙蔽了满桂将军。
在京城的时候，诸君交上来的军事演习计划看似条理清晰，算无遗策。可是现在后金只是一次试探性的进攻，你们的计划就立刻支离破碎，难以执行了。一个没有执行能力的计划，和没有计划又有什么区别？”
崇祯的责备，顿时让之前心情刚刚有所开朗的参谋们又紧张了起来。他们完全想不到，该用什么样的语言来为这次的作战失利辩解。毕竟他们此前向皇帝送去演习计划的时候，可是信誓旦旦的保证过，他们已经将后金军队的一切反应计算在内了。
然而等到总参谋部的成员们出了山海关之后，他们才发觉之前一直汇报发展良好的辽西镇参谋组织，除了后勤部门之外，其他方面也就是一个样子货而已。
他们所制定的演习计划并不能按部就班的执行下去，因为各支军队中的参谋人员还无法通过一纸文书调动整支部队行事，必须要同一个个大小军头进行协商和谈好行动的条件。简单的来说，总参谋部在新军中如臂指使的指挥权力，在辽西诸军中根本行不通。
在这里，即便是最为拥护朝廷的满桂所部，没有满桂的点头，总参谋部的命令就无法落实下去。当然这是指作战方面的命令，至于后勤部门因为脱离了各军成为了独立单位，反倒是最为服从总参谋部的指令的。
辽西镇的军队分成了五个部分，何可纲率领的祖家军实力最强，其次是皇帝最为支持的满桂军，再次则是张春、朱梅和孙祖寿三部。孙祖寿乃是从昌平调任的山海关总兵，其军队组织算是最为接近于新军的了。
孙承宗不得已，不得不把责任揽到了自己身上，向皇帝再次请罪，承认了自己失职的过错。朱由检这次到没有轻轻放过，而是要求总参谋部借此机会，对辽西镇上下进行一次全面的整顿。
朱由检看着众人面无表情的说道：“…追究责任什么的，现在不谈这个。朕现在只要求大本营做一件事，全面重建辽西镇的参谋体系。
一是要做到总参谋部颁发的命令在每只军队中都能上命下服；二是辽西镇的参谋体系能够做到下情上达，让总参谋部随时能够了解辽西镇各军的状况。
朕授予大本营参谋本部全权，在组建参谋体系的过程中，如果有人抗命不遵，敷衍了事，弄虚作假的，该撤职撤职，该退役退役，该调任调任。朕绝不容许有人在军中搞特殊化，搞独立王国，搞拉帮结派的山头主义。辽西是大明的辽西，军队也是大明的军队…”
对于皇帝的训话，众人都没有什么非议，甚至于某些人心里还有些窃喜。辽西镇作为大明最为强大的一只边军，即便这只边军的成立和孙承宗有极大的渊源，但想要让这只边军的大小军头交出对军队的绝对指挥权，也不是轻松可以做到的事。
辽西镇的参谋体系之所以迟迟没能完成，同这只边军将领的抵制也是分不开的。现在他们虽然被皇帝重重的斥责了一通，但是却拿到了全面整顿边军系统的尚方宝剑，对于总参谋部来说，实在是趁机扩大自身权力的好事，自然不会有人提出反对的意见。
这场会议结束之后，朱由检留下了孙承宗、孙传庭、李宏元三人，崇祯留下三人的目的，还是准备同他们谈一谈，之前他们已经开展起来的肃反问题。
孙传庭和李宏元采用的肃反方式，还是此前刑部惠侍郎采用的方式，通过对军中将领的走访和谈话，对一些将士举报的问题进行调查，从而确定为后金办事的士绅和将领，虽然有所成效，但并不合崇祯的心意。
朱由检沉吟了半天，对着三人说道：“自上而下的肃反，惠侍郎已经做的相当不错了，就算你们再怎么鼓捣，也不过抓出几只替罪羔羊而已，那些沉寂下去的两面人还是不会这么轻易的显露出来的。
如今宁锦一带刚刚给后金蹂躏了一遍，地方上百姓和军中的普通将士正是怨气满腹的时候，他们大都是在本地土生土长之人，对于这里的大户和将领也是知根知底，他们肯定知道都有哪些大户和将领同后金那边有所勾结。
总参谋部的肃反工作应当从这些底层的百姓和战士身上打开缺口，只有获得了最广大的百姓和军士的支持，我们才能把这些两面讨好的墙头草从我们的军队和政府中清除出去。也只有彻底的清除了这些吃里扒外的两面人，百姓和战士才会对朝廷恢复信心…”
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