和崇祯松了口气不同，了解了事故经过的徐光启脸色要严峻的多。见到了崇祯的到来之后，他便请求和皇帝找个地方进行谈话。
朱由检迟疑了下，还是摇头拒绝了徐光启。他走去看望了那些还在昏迷的研究员，要求边上的医务人员一定要救回这些研究员。又嘱咐一边科学院的主管妥善处理死者的后事，不要让家属有什么不满，这才跟着徐光启等人走到一边，开始询问起事故的经过。
已经了解事情经过的王徵向崇祯汇报了事故发生的缘由，一名研究员在研究磷化合物的实验中，用红磷和锌片合成了一种新物质。
为了检验这些新物质的性能，他将之丢进了一杯水中，随即冒出了大量的烟雾，做实验的研究员吸入这种烟雾之后很快就昏迷了，当时实验室内还有另外两名研究员，他们上前将他拖出了实验室，但是这名研究员已经因为吸食了过多的烟雾而死亡了，而拖人出来的两名研究员则陷入了昏迷。
看到崇祯听完了事故汇报后沉默不语，徐光启终于忍不住开口说道：“陛下，臣以为关于磷化合物的研究应当暂停了。臣一直都说过，我们现在连磷这种物质的性质都没有完全弄明白，怎么能够跳过去研究磷的化合物质呢？
在过去的大半年里，因为研究磷的化合物，化学实验室已经出现了3次重大事故，35次中等事故，还有100余次小的失误，可见这种化合物有多么的危险。
臣以为，不能将科学院的研究员们消耗在这种无聊而又危险的实验上。这样的化合物研究出来，除了伤害人命外，又有什么作用呢？”
朱由检顿时摇头反驳道：“这怎么会没有用，我们研究磷化合物的目的，不就是要作为杀虫剂的吗？
就今天的事故来看，我们离开成功已经很接近了，只要继续研究下去，我们就能够得到一种高效的杀虫剂，不管是用在粮仓里，还是用在农田里，都是很有作用的。
如果我们现在停止实验的话，我们之前的付出就全都白费了，那样的话，死去的研究员不就白白死亡了吗？”
徐光启显然并不认同崇祯的说法，他坚持的说道：“臣不知道研究成功后，这杀虫剂有多了不起。但是臣现在已经知道，磷化合物用来杀人的效率倒是比砒霜高的多。
陛下，即便这种化合物真的制造出来了，你怎么能够确定它们会被用在正途上，而不是被人用在歪门邪道上呢？砒霜害人还有痕迹可查，但是用这种化合物害人，普通人哪里看的出来？
研究这种东西，害处远远大于它所带来的一点利益，实在是有伤天和。臣坚决反对，科学院再对它研究下去。”
徐光启的话语倒是让朱由检一时语塞，从某一点来说，徐光启说的也不算是错误。毕竟磷化工业在战时，是可以转为毒气制作工厂的。
还没等朱由检开口，王徵也开口对他劝谏道：“陛下，新学和皇家科学院现在已经是众矢之的，各地的名士大儒本就在攻击新学是哗众取宠的奇技淫巧。
若是让他们知道，科学院花费了偌大的力气，结果却是在研制砒霜之类的毒物，恐怕到时候就更要妖魔化新学和科学院了。更何况科学院毕竟是一个寻求知识的地方，没必要研究这么危险的东西，让其他研究员也人心惶惶…”
听到王徵的说法，朱由检下意识的向周边的人群看去，果然人人脸上带着忧伤惊惧的神情，不时的对着死者的方向指指点点的。
这一刻，朱由检恍然明白了过来，他现在才发觉，他和徐光启这些人对于科学研究的认知，其实并不一致。
徐光启他们对于科学研究的目的，只是想要得到一些新的知识，从而更好的认识世界。而作为一个拥有后世灵魂的崇祯，他只是想要从这些科学研究中复活已经世界的规律，并希望得到能够使用的科学造物而已。
所以徐光启等人并不愿意为了科学研究而死人，因为他们还算不上真正的科学家，而只是把科学作为一种业余爱好而已。如果朱由检给予他们的压力过大，也许新学和科学院内部就要首先分裂了。
想明白了这些，朱由检不得不做出了让步说道：“这样吧，磷化合物的研究项目先暂时封存，我们先把这起事故处理好再说…”
听到崇祯作出的退让，徐光启和王徵总算是放下了心来。科学院内研究新学的，大部分都是他们相识的世家子弟，损失了哪一个都让他们难以承受。
因为在大明，四书五经就算是乡村都有人教导，但是想要接触新学，没有一定的身份地位，是入不了门的。
从科学院返回宫内的朱由检，在马车上想了一路，在快要抵达皇宫时，终于开口对着车厢内的吕琦吩咐道：“你在城外找块地方，建立第二化学研究所，然后重新招募人员，开始研究磷化合物和其他化合物…”
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