当总参谋部的其他成员离去，只剩下了孙承宗和茅元仪两人时，朱由检才继续对着两人说道：“战争已经结束，接下来大明应当可以过上一段平稳的日子了。我们必须要抓紧时间，在这段时间内重建整个大明的军事系统。
朕对总参谋部只提出两个要求，第一个要求是，未来三年内将大明军队的总数精简到200万人之内，建立起野战军、守备部队和武装警察的三级力量体系，以取代现在的边镇、卫所体系。野战军暂定为36万人，守备部队暂定为74万人，武装警察暂定为90万人。
第二个要求就是，开始着手对服役十年以上、或年龄超过40以上的官兵进行复原动员，普通士兵可安排至关外、海外进行拓荒垦殖，并对退役官兵进行登记，建立预备役体系，以备紧急状况时进行征发他们。
对于军官和服役期间得过军功章的士兵进行甄别挑选，对符合留用要求的人员进行短期培训之后，再安排到其他部队任职。对于那些不符合留用要求的人员，则安排到各地的巡警部门任职。
首先保证北直隶、山东、河南、山西、陕西五省巡警部门的建立，再考虑向其他各省的巡警部门充实人手。朕需要你们在一年之内，将北直隶、山东两省的巡警部门优先健全起来，以备朝廷动用。”
对于皇帝的要求，孙承宗和茅元仪倒是没有感到意外，毕竟精简军队建立三级军事力量体制，原本就已经在总参谋部的讨论之中。只不过此前总参谋部权威未立，只能在京营和京畿附近的边镇中进行改良式的整顿军队罢了。
从这次的战争中可以看出，这种改良式的军队整顿并不能彻底改变边镇的面貌，对于军队的战斗力提高有限。因此当战争结束之后，赢得了战争的总参谋部和崇祯都打算对军队进行一次全面的整编。
同皇帝交换了意见之后，孙承宗和茅元仪终于告退离去了，会议室内只剩下了崇祯一人。王承恩这时才走进了会议室内。
朱由检看着王承恩说道：“柳敬亭是不是还在外面等候？让他进来吧。”
在武英殿偏殿内等候的柳敬亭，得到了王承恩的传召后，便跟着他进入了武英殿内。朱由检见到他后，甚是开心的说道：“柳先生请坐下说话，你这次出使察哈尔部，说动林丹汗出兵助我大明，实在是大功一件啊。”
柳敬亭赶紧谦让道：“臣倒是不敢居功，林丹汗虽然愿意出兵相助，但是他派出的人马不多，显然有观望我大明同后金相争的意思，臣以为察哈尔部并非是我大明的善邻。”
朱由检笑了笑说道：“朕倒是不在乎他派出的那点人马，朕在乎的是柳卿你稳住了林丹汗，没有让他趁着我们同后金作战，在西北捅我们一刀。
察哈尔部可不可信，不在于林丹汗的心思，而在于察哈尔部中下层部众的想法。只要我们能够将察哈尔部的经济和大明联系在一起，那么林丹汗想要起兵攻我，就未必能够得到底下部众的支持。
另外，你也要继续同察哈尔部的大小首领们交好下去，如果我们能够在政治上分化察哈尔部的大小诺颜，那么林丹汗也就只剩下一个蒙古大汗的空头名衔了。到了那个时候，察哈尔部自然就成为我大明的善邻，甚至也可能成为我大明的一员了。”
柳敬亭微微点了点头说道：“陛下的策略高妙，只要我大明坚持下去，臣以为必见奇效。臣这次出使察哈尔部，除了同林丹汗商议了结盟抗金之事外，倒也听到了林丹汗的一个请求，臣当时担忧林丹汗态度反复，所以就大着胆子答应了下来，还请陛下恕罪。”
朱由检摆了摆手说道：“你是朕挑出的使者，只要不是有心为之，朕总是要认同你答应林丹汗的条件的，你便向朕说说吧，你和林丹汗商谈的经过和内容…”
柳敬亭不敢怠慢，便一五一十的向皇帝交代了，林丹汗试图让大明支持他反黄教的立场，还打算组建一个反黄教联盟的经过。
朱由检沉默了许久之后，才对着柳敬亭说道：“你对林丹汗的应对很合适，我们可以默许甚至是暗中支持他反黄教的立场，但是大明不会陷入到这场宗教战争中去。
你作为宗教和民族事务委员会的大臣，在公开场合必须要清楚明白的表达我大明在宗教事务上的一贯立场。那就是：我大明尊重百姓的信仰自由，不会强迫百姓信仰或是不信仰特定的宗教。但是，任何想要借助宗教传播迷信、分裂大明或是试图插手世俗权力的人，都是宗教和民族事务委员会要警惕和打击的对象。
当然，在私下里，朕授权给你，准许你在维护大明利益的前提下，以非官方的身份作出一些承诺。比如你承诺帮助林丹汗组建黄教联盟，我会让王承恩拨付10万元给委员会，让你自由动用。
我对反不反黄教没什么兴趣，但是借着这个机会拉拢一下外蒙古各部，顺便结交几个反对黄教的喇嘛，也未尝不可。现在黄教的首领虽然是五世达赖，但是他的年纪尚幼，掌握黄教大权的是索南群培、罗桑却吉坚赞。
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