在北京，从北郊大营回来的朱由检，顺路去巡查了被隔离的几处发现天花病人的隔离所。
这些在元旦之前被隔离起来的天花病人们，虽然在隔离所过着衣食无忧的生活，但是同相同的天花病人关在一起，让他们感到很恐慌。
如果不是有军士守卫着这些隔离所，而且他们的病情会传染给自己的亲人，这些天花病人一定不愿意被这样限制住自由。
天花的病死率在四分之一到一半之间，得了天花的病人，身体上长满了脓包，形象恐怖。就算是侥幸不死，但是病人身上也留下了永远消除不了的痕迹。
由于害怕天花在京城内扩散，朱由检不顾病人家属的求情，把所有因为天花病逝的病人及随身衣物都火化了，只交给了这些病人家属一罐子骨灰。
火化尸体的行为，显然是不符合入土为安的社会主流价值观念的，这不禁让病人家属感到悲愤，得了天花的病人们也试图逃离隔离所，或是干脆在官府没有发现之前，逃到乡下去。
除了一部分迂腐的老夫子之外，朝中的大部分言官并没有反对崇祯这种看似残暴的指令。
因为在实施了隔离、接种牛痘、焚烧尸体及病人用具几个措施之后，往年要到三月才会平息的天花疫情，今年刚过元宵就已经完全控制住了。
皇帝的这些指令被证明是有效的，这也让住在京城的官员们感到放心了不少。
对于涉及到自身及家人安危的有利措施，这些言官清流们选择了缄默。
对于看守这些隔离所的军士及医生来说，同样是一件压力很大的工作。
虽然他们都是被挑选出来已经出过天花的人，但是但听说天花是一种病毒，可以随着接触物传播出去后，为了保护家人的安危，他们选择了同病人们共同隔离，拒绝家人来看望自己。
经过了多次试验之后，吴有性等太医参照流传了许久的人痘法，终于找到了简单有效且低廉的牛痘接种方法。
而邓玉函则不断的对接种牛痘的人员进行调查，也终于获得了接种牛痘之后的一些不适反应的资料，及确定了接种牛痘的人的确不再会感染天花了。
宫内及救济院的孩子们，接受了第一批牛痘接种。确定周后等几位女性接种了之后，朱由检这才敢不忌讳的跑来视察这些隔离所，而不用担心和病人接触会把天花带入宫内去。
隔离所内原本惶惶不安的人们，在看到皇帝亲自到来，并探望了一些病人之后，情绪终于平静了下来。
这些在崇祯命令下被强制隔离的人们，第一次选择相信了皇帝，没有再继续想着要逃亡了。在他们看来，既然皇帝不避忌的同天花病人接触，想来太医们一定已经找到了医疗天花的手段了。
朱由检走出隔离所时，对吴有性等几位医生笑着说道：“朕这次真要感谢你们，如果没有你们的奉献，这次京城的疫情就不止这几百人了。”
吴有性对着崇祯拱手说道：“那主要还是陛下的功劳，没有陛下重建惠民医局，巡警制度。光靠我们这些大夫，是管不住这座城市的。”
朱由检享受了几位太医的夸奖之后，才微笑着说道：“关是北京城控制住天花是不够的，大明各地的适龄儿童都要接种牛痘，预防天花。
我始终相信，大明总有一天会消灭掉天花这个恶魔的。朕希望各位把这几天种植牛痘的方式总结出来，然后在每个省内进行推广。”
吴有性和几名同僚相视了一眼，就立刻对着朱由检说道：“陛下深谋远虑，臣等不及。不过臣以为与其编写医案，不如让各地挑选年轻的大夫，到北京来培训这个接种牛痘的方式，似乎更为合理。”
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