随着策略的调整，兵力也开始调整，叶可亮改任东南军区司令，由硬攻苏门答腊岛改为攻略几内亚岛和苏拉威西岛，这些地区很大，但军队不多，用不着这么多主力部队，抽调了骑兵师的一半部队改归汤正指挥。
同时由辛格指挥的雇佣兵也抽调归汤正指挥，辛格的雇佣兵师名为师级单位，却是拥兵超二万，这些南洋军本地人参军，只可以先参加雇佣兵，表现良好之后，才转往其它各支部队，从某种角度来看，辛格部算是他们的南洋土蕃兵的训练基地，他们是在实战之中训练。
如此一来，爪哇军区拥兵近五万，成为了南洋军中最大的作战集团，司令汤正炙手可热，跃升为南洋军第一重将。
军区参谋长戚青听闻吕宋女王李暮声称一个月攻下巴达维亚，他道：“我们也可以，保证完成任务！”
汤正大喜：“参谋长肯定有妙计，快快道出，哥我请你喝老酒。”
戚青，外号鬼谋，与鬼狐扶汉明号称总参谋部双杰，未来的总参谋长。
戚青道：“没有！只能强攻！”
汤正道：“那你还吹牛？”
荷兰人对东印度公司大本营的恰当地点的最终选择上，取决于两个方面的考虑：其一，它必须接近东西交通的两条海道马六甲海峡与巽他海峡之一；其二，它必须是大明帆船能方便抵达的她方，因为大明帆船在群岛内的贸易中发挥重大作用，荷兰人东来不是建立新的贸易网络，而是利用印度洋、南大明海已有的海上贸易网，而这个已有的海上贸易网已为大明商人、印度商人和东南亚商人经营了至少一千年了。
这项考虑使荷兰人于四年在雅加达土酋居住区的废墟附近建立了巴达维亚城，雅加达土酋及其属民则被赶出雅加达而去了万丹，科恩采取了尽可能吸引大量华人与荷兰人移民巴城的政策，次年以后来自大明的大帆船开始运来移民劳工，巴城建设得以开始，而吸引荷兰自由民的移民计划终成泡影。
巴达维亚城市的主要建设工程，如运河的挖掘、城墙与房屋的建造，全部由著名的华人承包商杨昆和潘明岩等承包和实施，荷兰当局规定华人每人每月须交纳1.5里尔的人头税方可免去为修筑城墙运土的义务。
结果，他们为巴城防御工事所支付的资金，是其他市民的五倍。在市政厅的建造中，他们支付的资金三倍于其他种族集团的总和，这说明在巴达维亚城市最初建设上，大明移民从资金到工程承包都做出了最重要的贡献。
一开始荷兰人计划将这城市建设成为一个大型贸易城市，有巨大的码头和港口区，但随着南洋军势力的迅速崛起，他们开始改变战略，将这里打造成为军事中心，以支撑他们在东方的军事力量，遂改造成为城堡。
该城为典型之近代欧洲棱堡，壕沟围绕四周，斜坡土堤为台基。墙面乃红砖砌成，用糖水、糯米、蚵壳灰、砂捣和黏之。内城为方型，有上下两层。长宽皆为五百一十五公尺，城壁高约十五公尺，厚一点二公尺，四角棱堡厚一点八公尺。
地下室为仓库，为储存弹药、粮食及杂物之用，上层设有长官公署、教堂、了望台、士兵营房等设施。外城(四角附城)为长方型，长一百六十公尺宽，七十七公尺，较内城稍低，内有长官及职员宿舍、办公室、会议厅、医院、仓库等公共建筑。
在防卫上，外城有两个棱堡，一个半月堡，西北角的称为荷兰地亚堡、西南角的称为黑德尔兰堡。内城有四个棱堡，三个半月堡。
四个棱堡名为菲力辛根堡(东北角)、安纳麦顿堡(西北角)、密特堡(西南角)与甘博菲尔堡(东南角)。棱堡与半月堡各有三十门大大炮；共三百门大炮，可沿墙侧面与面对开扩地发扬火力。
自从远征军惨败，他们开始加大改造的力度，因为南洋军的海上封锁，商船不来，他们干脆完全的军事化改造，他们将在这里抵抗南洋军，坚持到本舰队的到来。
现在他们加大了改造的力道，让巴城的大炮增加至上六百门，所有荷兰人征召入伍，接受军事训练，任何一个试图正面强攻该城的人都会被打得头破额流，死伤惨重。
他们就是因为正面强攻会死伤惨重，所以才会觉得这活儿不好干，现在他们还是决定强攻？
现在的巴达维亚，早己没有前两年的威风，他们的海军己被南洋军干掉得差不多。他们原本还有几十般战船逃回了巴达维亚，但是海军属于进攻型力量，他们急于获得补充，退回了港口，谁知让颜思齐在外面一堵，撒下了大量的水雷，成功的将他们封锁死在了港口里。
水雷是南洋军的又一大杀器，由水底龙王炮改造而来，荷兰人的水手悍不畏死的驾着船冲出来，试图与南洋军决战，争夺制海权。
谁知让水雷炸得死伤惨重，伤得怀疑人生，他们无法在南洋军封锁之下完成排雷，只好退守港口，彻底失去制海权。
米柱提出了海权论，他的海权论指出以贸易(指商品输出)立国的国家，必须控制海洋。夺取并保持制海权，特别是与国家利益和海外贸易有关的主要交通线上的制海权，是国家强盛和繁荣的主要因素。
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