八月10日阿尔布克尔克又组织了进行了第二次攻击，成功占领了大桥，接下来他们又占领面向马六甲河、依山建立的马六甲王国与清真寺。苏丹及其王子派出20头大象企图阻上葡人的攻势。
黑夜降临后，葡人终于占领了大桥两侧的制高点。
8月24日，沿着街道，葡兵并排清除来自各方的零星抵抗。马六甲苏丹见大势远去，黯然丢下富甲一方的马六甲城，马六甲围城战以葡萄牙人的胜利告终。苏丹玛（马哈茂德沙阿）率领残余退到巴莪从事复国的运动，但在1526年的宾坦岛之战中，其重要据点宾坦岛也被葡萄牙攻陷，他的后裔偏安柔佛，建立了柔佛王国，继续马六甲的王统。
攻陷马六甲城时，阿尔布克尔克下达了抢掠的命令。抢掠行动持续了一整天，珍宝数以万计，几乎是马六甲王国三分之二的财富，攻占了马六甲的葡人，照例进行了屠城。
马六甲城沦陷了，立国110多年的东南亚王国灭亡了。马六甲城的陷落，对大明人来说有着更大历史意义——扼守南华夏海的门户彻底暴露，大明控制马六甲海峡的海洋时代结束了，三百年之后，华夏遭遇了与马六甲同样的命运。
在马六甲，葡葡牙人看到了前进东方的希望。
葡萄牙人获得相对真实的华夏的印象是从马六甲开始，迈向华夏的脚步也从马六甲开始。
达伽马的船队抵达今印度半岛西南部喀拉拉邦的科泽科德一带的古里后，便大规模系统地搜集有关亚洲的地理和人文资料，主要目标是远东的华夏。葡萄牙占据果阿后，更加关注华夏。
1508年葡萄牙国王唐·曼努埃尔一世要求舰队司令塞格拉：“你必须探明有关秦人的情况，他们来自何方、路途有多远？他们何时到满剌加或他们进行贸易的其他地方？带来些什么货物？……他们是基督徒还是异教徒？他们的国家大吗？国内是否不止一个国王？是他们的国土扩展到什么地方？与哪些国家为邻？”
1512年，征服马六甲的葡葡牙人开始把魔爪伸向了大明，并在四十年后获得了澳门。
葡萄牙西方殖民者，他们看中明帝国的财富，而且幻想大明如同马六甲一样可以轻易落入葡人之手，尽管等到他们来到华沿海的几百年中，发现明帝国并不是葡萄牙可以一口吞下的，大明是禁海，但禁海之下诞生的几个大海盗也不是他们可轻易拿下的，林凤、李旦就让他们吃尽了苦头，李旦与他们多次交战，独占日本的贸易，不交钱买金龙令旗，葡萄牙人的战船一样被击沉。
但占领马六甲确实开启了葡萄牙海上帝国最灿烂的历史。
马六甲王朝的灭亡，除了遭遇强大的外敌之外，还有一个重要原因就是内部的衰落与纷争。而当时名义的宗主国明王朝，皇帝与大臣同样无能、短视，他们对马六甲的陷落表现出无动于衷。
明朝廷得知马六甲被侵占一事是在1520年，距马六甲落入葡人之手已过了9年。而在这9年中，葡人的脚步早已穿过南华夏海，进入华夏广东沿岸。
如果不是葡人的放肆，以及马六甲王子宾塘王公的使者穆罕默德来到北京，向礼部送来马六甲的求援信，马六甲落入葡萄人之手一事，明廷就会一直被蒙在鼓里。而武宗早已失去了解决此事的能力，这位荒诞的君主，在卧病三月后晏驾。
但在当时一批大臣的建议下，终于对马六甲的沦陷做出回应：不许佛郎机（葡萄牙）入贡，同时葡萄牙出使大明的皮雷斯一行于同年春夏被押往广州，并作为归还马六甲疆土之人质投入监牢。
面对马六甲朝廷的屡次求援，明朝廷声明要求葡萄牙归还马六甲，否则扣押使团直到归还马六甲为止。这种以扣押使节的方式来应对武装占领的葡萄牙人，无疑是一种无能的表现。
不过毕竟明王朝在东南亚一带并没有军事存在，它与东南亚国家的朝贡关系只是彼此的一纸政治承诺书，苍白无力。当郑和这样的王师绝迹于东南亚之后，明王朝毫无力度的外交辞语与交涉，挽救不了马六甲灭亡的命运。
但现在大明往南洋投放兵力，设置军事存在，让他们相当的不安。
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