阿尔萨斯催动他日益壮大的亡灵军团向奎尔萨拉斯的茂密森林进发，他一路屠戮精灵，径直杀到银月城门前。银月城的游侠领袖希尔瓦娜斯·风行者奋勇战斗，但仍不敌阿尔萨斯。阿尔萨斯摧枯拉朽般地击溃了高等精灵的部队，顺利进入了太阳之井。作为展示他的力量的手段，他把希尔瓦娜斯的遗体变成女妖，使她永远向阿尔萨斯这个奎尔萨拉斯的征服者效忠。随后阿尔萨斯把克尔苏加德的尸骨浸没在太阳之井的圣水中。尽管永恒的圣水因此受到了污染，克尔苏加德却复活成为了一个法力强大的巫妖。
克尔苏加德复活之后，阿尔萨斯又率领亡灵大军攻进了魔法之城达拉然，他杀死肯瑞托的领袖大法师安东尼达斯并夺取了麦迪文之书。接下来克尔苏加德打开了一道传送门，迎接燃烧军团强大的恶魔领主阿克蒙德来到了艾泽拉斯。再度踏进这个世界后，阿克蒙德认为巫妖王已经没有利用价值了，这也验证了耐奥祖当初的预感。
当阿克蒙德策划燃烧军团入侵海加尔山的世界之树诺达希尔的同时，阿尔萨斯受巫妖王的指令赶赴卡利姆多大陆暗中阻挠军团的计划。他试图拉拢恶魔猎手伊利丹·怒风，因为看起来他们似乎有着共同的利益；终于阿尔萨斯成功唆使伊利丹偷窃古尔丹之颅使之成为强大的恶魔，并借助他的力量除掉了一直以来都在监视自己的提托迪奥斯。
在人类、兽人、暗夜精灵的共同努力下，卡利姆多的战局发生奇迹般的逆转——阿克蒙德在海加尔山众多远古之灵的围攻当中身亡。随着阿克蒙德的败亡，燃烧军团的残党也随之被消灭，第三次战争也画上了终止符。巫妖王则随即带领天灾军团脱离燃烧军团的统治，至此耐奥祖的计划终于步入最为关键的最终阶段。
燃烧军团在海加尔山被击败之后，阿尔萨斯收拢了天灾的残余兵力返回东大陆，并且试图从燃烧军团残余的恐惧魔王手中重新夺回洛丹伦。但由于冰封王座被伊利丹使用的萨格拉斯之眼攻击裂开一道缝隙，巫妖王的力量开始流失，阿尔萨斯的邪恶力量也慢慢减弱。回到洛丹伦的阿尔萨斯忙着肃清燃烧军团的残余势力并且扩充天灾的兵力，而此时被暗夜精灵放逐的伊利丹·怒风却受到了基尔加丹的邀请，基尔加丹引诱伊利丹加入燃烧军团，许诺给予强大的力量，要他消灭巫妖王。
然而伊利丹却不敢贸然前往诺森德，他决定搜寻萨格拉斯之墓，利用萨格拉斯之眼的力量将巫妖王与诺森德大陆一并毁灭，伊利丹成功的找到了萨格拉斯之眼后，在达拉然的废墟开始施放撕裂诺森德大陆的魔法，诺森德大陆因此发生了强烈的地震，用来容纳巫妖王灵魂的晶体也出现了裂缝，巫妖王的力量从裂缝中迅速的流失，然而此举动却激怒了伊利丹的兄长玛法里奥，身为大德鲁伊的玛法里奥认为即使是为了消灭天灾军团也不能以整个诺森德大陆为代价，他中止了伊利丹的法术，毁掉了萨格拉斯之眼，并放逐了伊利丹。
伊利丹为了逃避基尔加丹的责罚而逃到已经破碎的德拉诺世界，然而基尔加丹还是找到了他，并命令他立刻进攻诺森德毁灭巫妖王，无奈之下伊利丹只好硬着头皮向诺森德发起了总攻。就在这时，一度受阿尔萨斯控制的黑暗游侠希尔瓦娜斯·风行者获取了自己的意志，随后联合几名恐惧魔王联手发动政变，背叛了阿尔萨斯。此时阿尔萨斯尚未妥善处理好洛丹伦王国的事宜，由于巫妖王力量的流失，希尔瓦娜斯率领着部分天灾士兵脱离了巫妖王的控制，并夺取了洛丹伦王国的东部。然而阿尔萨斯已经无心恋战，因为巫妖王发现伊利丹正在向诺森德进发，如果伊利丹抢在阿尔萨斯之前赶到冰封王座，耐奥祖的整个计划将功归一篑。
阿尔萨斯立即火速驰援诺森德，途中却遭遇了由凯尔萨斯·逐日者所率领的奎尔萨拉斯精灵的堵截，这些亡灵天灾肆虐下的幸存者如今已经自称血精灵并加入了伊利丹的军队，他们正向冰封王座进军。地穴领主阿努巴拉克来到阿尔萨斯的身边，并引领他穿越了一系列上古地下隧道，以最快的捷径返回巫妖王的身边。当阿尔萨斯钻出地洞后，面前便是他此行最后的阻碍——已经化身为恶魔的伊利丹。在这里，恶魔猎手与死亡骑士展开了一对一的殊死搏斗，霜之哀伤与埃辛诺斯双刃短兵相接，一番惊天动地的对决过后，阿尔萨斯成为了最后的胜利者，落败的伊利丹和他的亲信们仓皇逃回外域。
当死亡骑士来到坚冰中的符文铠甲前，巫妖王渴望自由的呼唤占据了他的意识。阿尔萨斯挥起霜之哀伤击碎了冰封王座，他戴上了耐奥祖的头盔，与巫妖王合为一体。从此阿尔萨斯成为艾泽拉斯世界上最强大的魔物之一。
……
第二部的剧情，算是很重要的，起到承上启下的作用，并且开启了魔兽电影宇宙的一部作品。
故事初期单线进行，中期双线进行，后期回归单线。
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