另外他还要关注着各地的军事情况，军队在这个时候也需要不断的进行调整，原来的几个镇军，到现在随着大中朝掌控了越来越多的地盘之后，已经不太适应了。
每个镇军现在所辖的区域实在是太大，除了主帅军权太大之外，也有些顾忌不过来，所以肖天健变有心想要在分出几个镇军，像后世的几大军区那样，来负责各地的军事。
可是因为政务太忙，肖天健却无力抽出足够的时间来做这等事情，于是考虑再三之后，他决定成立一个内阁，设立内阁大臣，作为给他帮忙的手段。
大明的内阁大学士制度其实是有一定的可取之处的，说实在的，大明朝的皇帝勤政的根本没有几个，除了最初的朱元璋、朱棣和后来的崇祯之外，其余的皇帝基本上都不太过问政事，吃喝玩乐倒是都很在行，万历皇帝更是罢朝近三十年，几乎根本不理朝政，但是正因为内阁大学士撑着大明的门面，皇帝不管事但是政务却照常进行，也没有因为皇帝不理朝政而导致大明垮台。
所以某种程度上这种制度，还是有一定的好处，起码可以让皇帝抽出身，来做些其他事情，更何况他搞出这个内阁大臣的制度，也不是说就不理朝政了，重要的事情他还是会盯紧的，而且早朝也不会废掉，更多的实物性的事务，完全可以交给内阁大臣来处理，这样的话他便可以抽身出来。
于是肖天健便在七月间将卢象升从北京调回了南京，虽说大中朝定都北京的事情已经确定，但是肖天健也留出了两年的缓冲期，目前大中朝的政治中心还是在南京，而且北方在建奴山海关大败退回关外之后，再加上有罗立、李定国等大将驻守北方，短时间之内，不管是建奴还是蒙古人都不敢再轻易犯边，而且卢象升在这一年时间里，也将顺天府的事务处理的差不多了，留着他在北京也是浪费，故此肖天健干脆便将卢象升调回了南京城。
通过和诸臣商议之后，肖天健在大中朝组阁，建立起了一个内阁大臣制度，卢象升充任第一任内阁总理大臣，至于诸部的尚书，则全部入阁充作协理大臣，另外肖天健还令孙传庭也进入到了内阁之中，作为一个协理大臣，帮助卢象升来做事。
这些大臣们的行政能力都是相当强的，上面再加上有肖天健来掌舵，有卢象升这个公心甚重之人来主持内阁，肖天健没有什么不放心的。
于是在八月的时候，内阁便开始了运转，各种繁琐的政务开始移交到了内阁之中进行处理，一般的事情内阁大臣商议之后，便可以以内阁的名义批复下去执行，一些大事特别是军务方面的事情，则在内阁之中议定以后，呈交给肖天健来最后拍板，如此一来大量的行政事务便转到了内阁之中进行处理，大大的减轻了肖天健的负担，将他从繁重的政务之中给解放了出来。
这令肖天健大大的喘了一口气，对于这次组建内阁大臣的事情，朝中诸臣基本上没有提出什么反对意见，毕竟大明之前也有内阁大学士来帮助皇帝主持政务，现在肖天健推行内阁制度，也不算是出奇，而且肖大皇帝愿意将一部分权力下放到他们这些重臣手中进行处理，这也是他们乐见其成的事情，虽然他们都是大中朝的大臣，但是也不想所有的大权就这么一直都被肖天健控制着，现如今肖天健主动提出来，让内阁大臣们来处理一些政务，对于他们来说自然是好消息，谁要是提反对意见的话，那就真是昏头了。
卢象升非常感激肖天健对他的这种信任，他很清楚这个内阁总理大臣的分量，说白了他现在已经是一人之下万人之上了，这个内阁总理大臣也基本上算是宰相了，不过和宰相不同的是，内阁处理政务的时候，总理大臣也要听协理大臣们的意见，有时候需要一起商量之后才能决定，而且对于内阁的成员，总理大臣也没有任免的权力，这样一来也就避免了总理大臣一人独断专行.
至于协理大臣，权力也比起以往的各部尚书有所增大，一些事情协理大臣便可以自行处理，而且各自分管一块，相互之间既有配合又有牵制，对于这样的做法，协理大臣自然也很是高兴。
不过最重要的是许多政务通过内阁大臣，便可以处理，这样一下就把肖天健这个皇帝给从政务堆之中解放了出来，使得肖天健总算是可以喘一口气了。
但是肖天健也并未就此放松下来，刚刚将繁琐的政务移交给内阁处理之后的他，便一头扎入到了另一项事务之中。
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