至于商业，历史上商人在中国地位都不高，即便是他们有钱也不行，商业的发展更是受到了各种制约，大明的经济发展甚至还赶不上两宋时期，所以肖天健认为，很有必要将商人的地位提升起来，重视对于工商业的开发，毕竟工农业的发展都离不开商业，今后许多人其实可以脱离土地的约束，进入到工商业之中，今后为国家提供有力的税务财政，尽量减轻对农民的负担。
对于这一点上，诸臣反应很大，觉得肖天健这么做，太过给那些商贾们长脸了，按照三六九等划分，都是士农工商，商人的社会地位最为低下，特别是在大明，商人更是有钱但是却没有地位，现在专门成立商业署，是不是太抬举他们了？
而且诸臣也看到肖天健的老丈人是个大商贾出身，还以为肖天健这是为了讨好他老丈人才这么抬举商贾呢，于是顿时纷纷提出意见，表示不支持这件事。
肖天健冷下脸对诸臣说道：“尔等难道以为我肖某单单只是为了我岳父才这么做吗？要知道一个国家的富裕与否，关键并不是看你产出多少粮食，最终还是要看商业的流通，你们所用之物，低头看看，哪个不是经过商人之手？没有他们的话，家家户户以后难不成还回去自耕自织？
我要设置商业署，并非就是要抬举商贾，而是要鼓励经商，今后从商业和工业之中收取税金，来减轻农民的负担，有朝一日的话，如果工商业发达到足够支撑国家财政的话，那么我就取消天下农民百姓的税赋，让天下的农民都过上好日子！
以后咱们中国的商品，要卖到天下各地区，包括海外的那些蛮夷们，都要用上咱们中国所产之物，让咱们汉人来赚取天下的钱，到时候可收的税赋之高，恐怕不是你们可以想象得到的！没有商贾来做这件事，难不成还学大明，将所有沉重的税赋徭役都压在普普通通的农民百姓身上吗？那样的话迟早我们国家，还会出现这样的大乱！什么时候才能立于世界民族之巅？
你们不理解我这么做，我可以不怪你们，但是你们要知道，这件事是利国利民之事，当然，经商者不许从政，从政者不许经商，这一条要给我记住，省的官商勾结垄断市场，横行于世！这一点今后不会变，省的跟现在的官员一样，暗中经商，捞的各个盆满钵满，却一毛不拔不给国家缴纳税赋，只要监察院发现有当官的暗中经商，那就给我滚蛋，去经商好了，总之当官的不许经商，经商的不许当官，以后即便是我的儿女们，也照样按这条规矩来！这件事就这么定，鼓励经商，但是要管起来他们比放任他们更好！”
诸臣一听，得！这件事只能这么办了，想想也是，把商业管起来，总比放任他们随便胡搞要强，国家还可以收取大批的税金，这又何乐而不为呢？
至于兵部方面，肖天健的意见很明确，武不干政，文不主兵，兵部就是负责天下兵马的管理调动，主要负责的是对外的战争，不许干涉政务，当然文官系统也不能干涉军队，军人就是军人，单纯一点更好，他们服从的是国家最高的控制者，也就是肖天健，最起码现在是这样的！
当然为了防止军将坐大，尾大不掉，肖天健其实早就在安排这种事，刑天军诸军只能从后勤部领取粮秣，战事情况特殊才能依靠缴获之类的来满足需要，平时是不许在驻地征粮征饷，后勤部的粮饷又要从户部支取，军官的选调也不是军将可以做主的，一般人想要在刑天军系统之中，培养出一支效忠于他们私人的军队，那是基本上不太可能的事情，所以兵部交给军人去负责管理，也不怕出什么乱子，这一点最终也得到了诸臣的支持，这些部门不给眼下军将们留一个也说不过去。
礼部方面肖天健认为可以尽可能的压缩，今后主要负责外事方面的事情，说白了就是以后的外交部，一方面负责和外国交往，一方面要负责起来对外的情报搜集，至于皇室的排场问题，就可以能省则省。
肖天健的意思很明白，就是现在虽然要立国，但是国家经过这些年的动乱和天灾人祸之后，已经是千疮百孔了，排场的事情能免则免，今后省下钱尽可能的用于民事方面的事情，多给老百姓办点实事。
于是礼部便成了六部之中最小的一个部，同时也属于最不重要的一个部，诸臣最终也都答应了下来。
最后只剩下了吏部，至于吏部，肖天健也没有过多的提出太多的意见，但是却提出来对官员的选拔今后不见得就一定要通过科考来进行，当官要有文化是必然的，但是只读四书五经会做八股文，是绝对不成的，学以致用，用人就要有所专才行，让懂行的去管事，比不懂行的要强太多，这方面就是以后选官的标准，另外就是要设置推行更加严格的官吏考核制度，能上就能下，合格的官员可以舒舒服服的当官，但是不合格的庸才考核不通过，就直接贬回家种田去，省的祸国殃民。
这些繁杂的事情商量起来耗费了大量的时间，把肖天健和一帮准备的诸臣累的是晕头转向，肖天健更是不得不暂时将军事上的事情委托给了李信负责，令其以总参谋部的名义暂时调派兵马，在拿下镇江府、扬州府、松江府、苏州府之后，转而便开始朝南对浙江用兵，同时抽调罗汝才和李栓柱的兵马回湖广坐镇，精力放在荆州一带，为下一步入四川做准备，
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