相较于左右两路官军的进展，唯有丁启睿走中路长江逆流而上这支人马，却在出九江之后，进展很不顺利，刑天军水军都统杨昆山此时已经亲自赶到了鄂州坐镇，两个战船营也加强了力量，分别陈驻于黄州和鄂州长江两岸，死死的扼守住了长江，在丁启睿挥师开始逆江而上的时候，大批官府战船刚出九江府，便开始在长江上遭遇到了刑天军水营的阻击。
刑天军水营虽然战船不如官军水师多，也没有官军水师的船只坚固，但是贵在这些水营兵将们都很骁勇，两军在长江上一交手，官军便开始连吃败仗，半个月时间便损失战船数十条，兵将数千人之多，而刑天军这边虽然也损失了不少船只兵力，但是却远比官军那边的要少许多，使得官军水军始终无法突破鄂州和黄州一带的江面直抵武昌府。
丁启睿其实也预料到了这种情况，在三月下旬的时候，亲自调派了数百条战船逆流而上，试图一举荡平长江上面的刑天军水寇，于是杨昆山便立即亲率两个战船营迎战，双方于是便在蕲州一带的江面上展开了一场厮杀。
这一仗两军便打了一整天的时间，双方可以说都使出了浑身解数，撞船、开炮、发火箭……等等战法都拿了出来，江面上更是火光冲天，喊杀声和惨叫声一天都没有停止过，最终官军在付出了惨重代价之后，却还是没有能灭掉刑天军的水营，一些兵将驾船便开始掉头逃窜，引发了官军水军的崩溃，大批官军战船纷纷掉头顺流逃走，结果这一战刑天军获得了大胜。
说是一场大胜，其实也只能说是一场惨胜，这一战下来，杨昆山身先士卒，坐船更是高挂帅旗居中指挥，使得他的坐船成了官军围攻的目标，大战之中，他的坐船负炮不知几何，船上兵卒更是几乎人人带伤，杨昆山一天下来负伤多次，但是还是死战不退，下午的时候杨昆山自知伤重难以支持，于是便将指挥权下令转交给了长江水营副都统刘江代他指挥，而他自己则在不久之后，坐船被官军一条战船用炮集中，之后又中了大批火箭和火油罐的打击，烧成了一团火球，杨昆山于船上的部下全体战亡，无一生还，而杨昆山也成为了刑天军自成军之后，损失的级别最高的将领。
也幸好是杨昆山死之前移交了指挥权，刘江及时的在他的坐船上升起了帅旗，继续指挥船队和官军死战，否则的话这一场仗下来，恐怕是刑天军水营就要以失败告终了。
官军也正是看到刑天军始终都没有失去指挥，而且似乎是越战越勇，一条条刑天军的战船着火之后，船上的水卒们非但不弃船跳水逃生，反倒是奋勇驾船冲向官军船队，用铁钩钩挂住官军船只，与之同焚，如此之下，官军在兵力船只占优的情况下，却始终没有能掌握住江面上的主动权，最终败逃回了九江府。
不过官军水师败退之后，刘江这边也已经没力气再挥兵掩杀了，他们两个战船营一天激战下来，船只受损超过了六成，兵将更是伤亡过半，刑天军的在陆地上的优势，在江面上却无法发挥出来，之所以能打胜这一仗，可以说全是凭借水军的兵将们拿命换来的，除了杨昆山这个水营都统阵亡之外，两个水营还有一正一副两位营将阵亡，损失可谓是极大，故此在官军水师败退之后，刑天军这边也早已无力再战了，刘江只能下令收兵，撤回鄂州赶修船只，以备再战。
而这个时候丁启睿气的是暴跳如雷，请出了尚方宝剑，将几个临阵脱逃的水师军将给斩了，要继续发兵攻打鄂州，可是在这个时候，从北面传来了肖刑天在阳谷县大败官军的消息，并且生擒督师孙传庭、阵斩辽东总兵吴三桂。
丁启睿闻之顿时便大惊失色，在九江府的大营之中顿足大哭了起来，他没有想到北面官军败的会这么快，在他看来，孙传庭也算是能臣了，现如今朝廷调入关内数万精兵，这么多人马怎么也够孙传庭对付刑天贼了，不敢说孙传庭一定可以在北方击败刑天贼，起码以他的兵力拖住刑天贼是没有问题的，这样一来便可以给他争取相当的时间来克复武昌府了！
可是没成想这才多长时间呀！孙传庭便落得了一个兵败被俘的下场，麾下数万大军瞬间便灰飞湮灭，接下来肖刑天要怎么做，丁启睿便猜不出了。
从丁启睿的角度出发，现如今孙传庭和大批辽东的官军已经被刑天军所灭，那么接下来如果刑天军想要覆灭大明的话，北方官军数量已经不足以扛住刑天军大军的进攻，肖刑天完全可以集结重兵北上，直接打京师，只要京师一克，那么大明也就基本上可以说完结了。
但是肖刑天会这么做吗？他还有一个选择，那就是在解决掉了北方官军的威胁之后，继续按照以前的既定计划攻打南直隶，待取下南直隶之后，再北上攻打京师，如此一来，将会更彻底的将大明给覆灭掉。
丁启睿分析过之后，最终在没有足够的信息支持之下，也无法判定肖刑天接下来会怎么做，于是将心一横，派人告知黄得功，令其务必要尽快攻克黄州，同时令左翼军也尽快攻打鄂州，先打通长江之后，发兵武昌府，不管怎么说，他都要先拿下武昌府之后再说，一旦打下武昌府的话，最起码也能打击一下刑天贼的气势。
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