陈新甲可不是吃素的，准备了这么长的时间，既然动手了，就要发挥自身最大的能力，毕竟辽东的重要性是不言而喻的，自己如果不能够很好的掌控辽东的局势，一味的依靠皇上和内阁的支持，也会被辽东的官吏将士看不起的。
钱谦益上任之后，徐尔一离开了辽东，陈新甲召集了督师府、巡抚衙门的官员，以及辽东总兵官以上的军官，召开了一次会议，在这次的会议上，他宣布了钱谦益负责辽东民生方面的事宜，包括军队粮饷等方面的开支，辽东土地管辖等诸多方面，同时宣布了，洪承畴直接负责江宁营的调遣事宜。
这个决定，引发了一阵子小小的波动，洪承畴身为兵部尚书、都督同知、江宁营都指挥使，其实负责整个辽东的局势部署的事宜，实际管辖着江宁营、边军和榆林营将士，但陈新甲的调整，标志着洪承畴只能够负责江宁营的事宜了，突出了洪承畴江宁营都指挥使的官职。
没有调整的有秦三德的职权，根据苏天成离开辽东时候的安排，秦三德不仅仅是江宁营的监军，更可以直接负责监督边军和榆林营的事宜，陈新甲默许了这样的安排。
辽东的官吏和军官，都明白这里面的意思了，这宣布陈新甲开始果断出手，掌握辽东的全面局面了，要知道，做出来这样的调整，一定意义上说，需要得到苏天成的准许，毕竟苏天成还是蓟辽督师，圣旨上面对陈新甲的要求，还是协助苏天成管辖辽东的事宜。陈新甲能够直接做出来这样的决定，能够将徐尔一送回京城，说明皇上和朝廷是支持陈新甲的，说明辽东的事情，从此就是陈新甲直接管辖了。
陈新甲接手开始管辖边军和榆林营，唯独没有马上开始管辖江宁营，表面上看起来，是对苏天成和洪承畴等人的尊重，实际上，是让苏天成和洪承畴没有辩驳的余地，这一手作的是很漂亮的，在大家看来，陈新甲管辖身处辽东的江宁营将士，是迟早的事情。
陈新甲在辽东的地位，还不是特别的牢固，想要在部队中间，树立起来绝对的威信，那就要带领部队打胜仗，这样才能够得到将士的真心佩服和拥护。
这方面，陈新甲无法和苏天成比较。
在江宁营将士的心目中，苏天成是绝对的统帅，无人可以撼动苏天成的地位，洪承畴都不行，相对来说，在边军和榆林营军士的内心，对苏天成是一种崇敬，不是真正意义上的拥护，苏天成在辽东的时间不是很长，可以说还在磨合的过程中，而且苏天成下手狠狠整治了边军，这种整治带来的好处，需要时间慢慢体会出来。
陈新甲利用了这样的机会，苏天成整治边军，陈新甲得到了实际的好处，来到辽东之后，陈新甲很满意辽东军队的素质，令行禁止，听从指挥，这样的军队，打战是不用说的，一定是士气高涨，所以在军队的建设方面，他是不需要操心的。
不过苏天成也不是神仙，辽东军队的建设之中，也存在不足，最大的问题，就是军饷的问题，江宁营将士的军饷，普遍高于边军，苏天成来到辽东之后，下决心整顿边军，大量的裁减军士，大力发展农桑，也就是想着在适当的时候，提高边军将士的军饷，可动辄就是十余万人，想要提高军饷，可不是嘴上说说的事情，还在操作的过程中，登州和莱州出事了，变故也随之出现了，这样的情况下，苏天成没有来得及着手提高边军的军饷。
苏天成为了提高边军军士的军饷，所做的一切努力，好处同样被陈新甲得到了。
秋收之后，督师府收获了不少的赋税，包括农户上缴的一部分粮食，朝廷没有在辽东征收任何的赋税，所以说，粮食赋税以及商业赋税，都是督师府直接征收，这一大笔的粮饷，直接归陈新甲调配，加上朝廷没有削减辽东的军饷，可以说，陈新甲手里是有粮食和银子的。
辽东有了这样的基础，不少的商贾，穿梭于大明与后金之间，冒着生命危险进行贸易，这种贸易属于暴利的行业，这些商贾，上缴督师府大量的银子，寻求保护，也被准许进行商贸交易，这是一笔固定的来源，同时还有锦州、宁远城内的商贾，上缴的赋税，苏天成对辽东的商业赋税，进行了改革，这也是一笔不小的收入，农业赋税从无到有，同样归督师府支配，有了这样的基础，陈新甲当然有所动作了。
十月，辽东传出来了消息，陈新甲和钱谦益做出来了决定，增加边军和榆林营将士的军饷，崇祯十四年元月开始执行。
这个决定，引发了巨大的波澜，很短的时间之内，边军和榆林营将士，都表示了对陈新甲和钱谦益的拥护。
陈新甲主政辽东之后，边军已经有所波动，他们的军饷与江宁营将士不同，短时间之内边军是能够接受的，毕竟江宁营的骁勇，他们亲眼所见，人家剿灭了流寇，收回了大凌河城，打的后金鞑子不敢嚣张，这样的战功，边军根本不敢想象，论军功江宁营将士的待遇应该要高一些的，但随着苏天成离开辽东，诸多的边军开始私下里埋怨了，为什么都是在辽东效命，拿到的军饷却不一样，这也太不公平了，也曾经有边军的军官，给陈新甲和钱谦益直接反映了这样的问题，陈新甲和钱谦益都是做工作，要求边军稳定，巡抚衙门会想办法解决的。
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