平安、盛庸、耿璇、李远、瞿能等人回京献捷，听封。
五月三十日，征战半年的大军将领回返，朱允炆在奉天殿为众将举行了盛大的仪式，当场加封平叛功臣。
由于洪武朝只有公侯伯三级爵位，朱允炆重设了子、男两级爵位。
授平安为毅国公，三等奉天翊卫推诚宣力武臣，岁俸三千石，授侯爵世袭铁劵，晋升都督，主持左军都督府。
授盛庸为历程侯，二等奉天翊运推诚宣力武臣，岁俸一千五百石，授伯爵世袭铁劵，晋升都督，主持右军都督府。
授李远为安平伯，二等奉天翊运推诚宣力武臣，岁俸五百石，授子爵世袭铁劵，晋升都督佥事。
授瞿能为安远伯，二等奉天翊运推诚宣力武臣，岁俸五百石，授子爵世袭铁劵，晋升都督佥事。
耿璇仍为长兴侯，岁俸增至两千石，晋升都督，主持后军都督府。
众将纷纷叩谢皇恩，朱允炆举杯，百官庆贺，在这一瞬间，朱允炆终于感觉到，自己是一个皇帝了......
随着朱棣家眷、叛军主要将领陆续押解入京，如何处置朱棣一脉的问题，也摆上了朱允炆的案头，但朱允炆并没有表态，而是令军机处、礼部、刑部、按察司、大理寺进行商议。
朱能、茹瑺、陈瑛等人的处置结果很快送到朱允炆案前，朱允炆拿起案卷一看，一目了然，凌迟、诛九族。
朱允炆犹豫了许久，最终下诏，将在叛军的“五军”中任职卫指挥使以上的军官全部斩首、诛三族，兄弟流放，女眷流放，婚配边境军士；卫指挥使以下至千户级别的军官贬为庶人，流放边疆，终身不得返回原籍；千户以下军士移驻西北，与西北卫所混编，从此一视同仁，不得歧视。
最后朱允炆注明，在与蒙古军最后作战中立有战功的军士可减刑处理，具体名单由平安、盛庸、耿璇共同制定。
至于最后时刻反正的张辅，朱允炆免除了其父的反叛罪名，降其为百户，转属沈阳中卫，新任沈阳中卫指挥使为邵云邵翼翔。
叛将中有人不满判决，提出朱棣曾经留过书信，将所有事情一力承担，朱允炆派钦差去询问徐仪华，徐仪华却回答不知，所以朱允炆维持原判，概不赦免。而朱棣遗言中所说的这封信，却成了后世永远的谜团。
对于朱棣家属的处置，朱允炆特意写信向所有藩王以及徐辉祖、徐增寿、李景隆等人征求意见。一月后，所有的信都回复了，大致内容都类似，没有为朱棣求情的，都说皇上仁慈，自有明断。
三天之后，朱允炆下诏，废朱棣一脉为庶人，其子朱高炽、朱高煦、朱高燧赐死，其母徐仪华放归徐府，张辅之妹张锦瑟所生幼子朱高炐软禁凤阳，无诏不得外出，其母张锦瑟放归张家，自行婚配。
朱棣的女儿中，全部贬为庶人，听凭婚嫁，不限。
朱高炐自幼多病，建文三年病死。至此，朱棣一脉绝嗣。
徐仪华在徐府闭门不出，颂念佛经，建文八年病逝。
张锦瑟一年后，即建文三年嫁于邵云，育有两子，但郁郁寡欢，建文十年病逝。
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