电影剧情由chong物小精灵水上竞赛开始，举办这场竞赛的正是传说之城奥多马雷，也就是电影标题中的水之都。
在水上竞赛的时候，小智受到拉帝亚斯的帮助而遥遥领先，却因为走错了水道而失去了冠军。之后，在亚军罗西的邀请下，小智一行浏览了奥多马雷，并且听说了两只传说小精灵的传说。
怪盗姐妹桑娜、莉安也来到了奥多马雷，她们用特殊的方法找到了拉帝欧斯和拉帝亚斯，并且试图捕捉它们。拉帝亚斯为了逃避捕捉变成了人类少女卡侬的mo样，然后机缘巧合被小智救了下来。
小智救了拉帝亚斯之后又和她分散，他和小刚等人来到了奥多马雷的博物馆，了解了奥多马雷防御灾难的装置。在这里，小智看到了一个正在收拾画具的少女，好像是刚才救下来的少女，但她是另外一个人。
小智并不知道这一点，他带着皮卡丘追了上去，然后在一个花园里发现了一些镶嵌的石板，中间的图案上据说记载着博物馆中装置和心之水滴的真正使用方法。
随后，怪盗姐妹捕捉到了两只传说小精灵中的哥哥拉帝欧斯，而妹妹拉帝亚斯则从水中飞走并找到了正在熟睡的小智，她变换成了卡侬的样子寻求小智的帮助。
小智明白缘由后和大家一起来到了博物馆，怪盗姐妹启动了防御装置，经过一阵恶斗，小智他们救出了奄奄一息的拉帝欧斯。但怪盗姐妹却想夺走心之水滴撤退，不小心破坏了水滴，装置再次启动。
奥多马雷迎来了灾难，巨*大的海啸从天际升起向着水之都呼啸而来。拉帝欧斯与拉帝亚斯随之冲了出去，利用他们超自然的能力平息海啸，但拉帝欧斯在其间牺牲了自己。
拉帝欧斯化为了又一颗心之水滴，继续守护奥多马雷这座水之都。
电影院里，看到这里的蒋天石一阵惊愕——他没想到《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》竟然和《仙剑来袭》一样，最后竟然会是这种悲剧的结局。
“有没有搞错……”
蒋天石用眼睛撇着孟获，他之前听董鼎说过孟获对《仙剑来袭》结局的评论，还以为《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》应该是一个欢乐向的作品，哪成想结果还是一样嘛！
《仙剑来袭》是女主角为了封印仙剑而牺牲、而《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》则是一个传说小精灵为了拯救水之都而牺牲，两者半斤八两……
好吧——其实还是《仙剑来袭》过分点。
“毕竟我们的是女主角……”
蒋天石有点无奈的想着，同样的结局，《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》玩的明显要高出《仙剑来袭》一筹。拉帝欧斯在电影里的戏份明显不如《仙剑来袭》的女主角重要。
《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》里的女主角应该是拉帝亚斯，而拉帝亚斯最后还是安然无事，不仅安然无事，它还给观众们带来了福利。
水之都的事情结束后，小智一行人打算离开了，但就在他乘坐的客船即将离港之际，拉帝亚斯变成的少女拿着东西，挥着手赶了过来。
小智要求停船，在靠岸后，他走上码头，少女将手上的东西递给小智，然后突然做出一个让所有观众始料未及的动作——她用嘴封住了小智鼻子下面。（ps:不允许描写x……）
“诶！”
这一幕出现的时候，影院整个沸腾了起来。
“接xx了、接xx了……卧槽，这是小智的初xx吧！？”
“啊啊啊！这一幕就可以让我再看一遍了！”
“大新闻，快记下，这个一定得报道！”
“……何惜老师连十岁的孩子都不放过么……”
最后一句暂且不谈，影院突如其来的沸腾让蒋天石吓了一跳，他这才发现《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》在结尾玩了一手好牌，没想到少儿动画竟然会出现接xx的画面，这太让人意外了。
可以肯定这个画面会引起一些人的非议，但对大多数人来说，这只是一个意料之外的惊喜。
而且不管是非议还是惊喜，这个结尾的力度都超过了拉帝欧斯的死亡带来的感伤，尤其是当小智看到少女送给他的东西——那张他的画像之后，影院更是响起了不少羡慕声。
《chong物小精灵》的第一部剧场版电影，全篇的风格和音乐都和动画有很大差别，看起来又新鲜又浪漫。但这还就算了，《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》离竟然还出现了动画版本从不出现的感情戏。
“简直无法相信，这真是太让人意外了！”——这句话可以代表所有观众的心理。
首映结束后，几乎每个观众都很兴奋，迫不及待的想要告诉其他朋友这个消息。而在影院门口的观众听到小智的初xx没了，连一丝多余的剧透都不用，人群就往影院冲了进去。
看到观众反响的林明哲彻底放心了，离开影院的他和徐经坐在同一辆车上，甚至涌出了新念头：“这样看起来，《水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》的电影票房也不用担心了，徐总，我们是不是应该多在电影这方面投入一些钱？或者干脆就把主业放在这里？”
“那怎么可以！”徐经吓了一跳，连忙摇头道：“这不行，我们的主要业务不能变，漫画是一切的基础，动画是我们的第二优先点——如果没有它们，单做电影很难成事。”
徐经很清楚漫画和动画聚集的人气是开发其他版权的基石，无论是电影还是周边贩卖，只有围绕最核心的业务由内向外扩展，凤凰公司才可以持续健康的发展下去。
“孟获那小子提醒了我好几次，千万不能本末倒置——漫画和动画都是我们的本，其它都是末节，只要本做好了，末节就不用愁。”徐经mo着下巴，呵呵直笑：“不过当年我同意他制作《chong物小精灵》的时候，真是做梦也没想到它会这么赚钱。”
“何止是您，我想神仙也绝对不可能会想到……现如今的《chong物小精灵》，可是只要把一个衍生故事做成电影，就能获得过去我们公司整年的收益。”
林明哲啧啧称奇，心里想着，当年的何惜是不是早有所料，才会如此坚持的推出《chong物小精灵》动画。
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