这在古时候的说法就是上疏忤旨，就是上奏的事情违背了皇帝的心意，司马睿心里很不痛快，为了彰显他的权力，直接就把周嵩派去了新安（浙江淳安）当太守。
接着开始上演古时登基那一幕闹剧，大伙共同劝司马睿称帝，司马睿不同意，纪瞻上疏：““陛下性与天道，犹复役机神于史籍，观古人之成败，今世事举目可知，不为难见。二帝失御，宗庙虚废，神器去晋，于今二载，梓宫未殡，人神失御....”啰里啰嗦说了一大堆，司马睿还是不同意，还让殿中将军韩绩撤去已经摆放好了的皇位，结果这个纪瞻不按套路行事，他也算文官武职，看着韩绩准备去搬皇帝宝座，他上前呵斥道：“帝座上应列星，敢动者斩！”司马睿为之变色。
十日后，司马睿即皇位，是为晋元帝，大赦天下，改元太兴，改建邺为建康，百官陪列，增位二等，司马睿邀王导升御床共坐，王导推辞不敢当，并说道：“若太阳下同万物，苍生何由仰照？”司马睿这才作罢。
司马睿还有一项奖励政策，就是这次登基，诸吏投刺劝进者加位一等，百姓投刺者皆除为吏，投刺基本就是投票了，凡是给他司马睿投票当皇帝的，哪怕你是老百姓，都可以让你当上公务员，在建康城差不多有二十多万人端起了铁饭碗。
立王太子司马绍为皇太子，庾文君为太子妃，贺循为太子太傅，周顗为少傅...百官皆有封赏，特别是王导，那名号一长串，最开始任命王导为骠骑大将军，仪同三司，然后再来计算他以前的功劳，受封武冈侯，进位侍中，司空，假节，录尚书事，领中书监。而那个王敦，司马睿封他江州牧，不受，再封荆州牧，还是不受，也不知他安的什么心，对于王敦来说，那些都是虚名，他早就在私下搞小动作了，他手下的官吏将领都是他自己任命，很多时候都不上报中央，比如南康山贼何钦，据险自守，有数千人，王敦暗自拉拢他，私下任命他为四品将军，还有杜弘这种身为造反派的骨干，至亲，王敦收了他，根本就不给中央的领导交待，反正王敦就在外面拥兵自重，绝不轻易回建康。
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