征服地区持续到现在的大清洗主要集中在两个方面。
东欧剧变之后，巴尔干半岛的国家集体转投了西方，许多原本亲近苏联的政客也改变了立场。客观来说在这件事上这些政客并不需要承担主要责任，戈尔巴乔夫和叶利钦这类侵蚀内部苏联的蛀虫、东欧革命不彻底导致资本主义既得利益者未能完全消失反而渗透进政党、以及苏联国内越来越糟糕的经济状况等等繁多的原因才是问题的根源，想要弄清楚其中的所有缘由需要长时间细致地调查与学习。
苏联解体之后东欧某些有些颇有手段的政客还让国家经济在短时间内飞速发展，其内政外交的能力不可谓不是出类拔萃。然而彻底倒向西方之后，欧美财阀借由他们推行的自由贸易加入东欧市场，之前畅饮的毒酒解渴的代价很快就显现了出来，原本被苏联扶持的工业强国彻底失去了自己先进的工业生产能力，只能依靠外部输血，任由欧美财阀掠夺对内大肆掠夺。吸取了东欧剧变教训的拉托维尼亚自然明白问题出在哪里，要从哪些方面着手解决。
在着手发展重工业之前，拉托维尼亚情报部门发起的大清洗首先针对的就是行政体系。
尼克·弗瑞饶坐在机场候机座位上，饶有兴致地翻看着这份清洗名录，名单上的所有人无一例外全都是掌控重工业资源的企业拥有者，从乡镇企业到上市公司应有尽有。他并非完全加入不朽之城的情报序列，但不朽之城还是指名让他参与一部分清洗工作，尼克·弗瑞也从另一个角度看待了如今拉托维尼亚的问题——和美国一样，每一个乡镇里都有一个掌控着当地企业与资源的精英家族，这样的家族之间又形成了一个个小圈子，这些人就是资本主义的核心力量，也是导致东欧工业急速滑坡的原因之一。
这是东欧投靠社会主义之后未能解决的问题，如今为了彻底解决历史遗留问题，解决城镇工商业资本主义彻底掐死，将钢铁、煤炭、土地以及大量生产设施等资源用武力收归国有，由斯蒂芬妮·马利克挑选的会计人员成批地入驻那些由外国人开办的企业，士兵们大肆抓捕所有境内的董事会成员。
只有完成了这部分清洗才能专心发展国有重工业，避免重蹈过去东欧工业的覆辙，而重工业将会是未来拉托维尼亚的生命线。维克多·冯·杜姆可不想和让那些富人将手伸进行政体系，政商旋转门这种事绝对不能发生在拉托维尼亚。从这些富人口中获得的情报又帮助情报部门进一步锁定了收受贿赂的政客，即便逃出境外也会被强行带回来接受审判。尼克·弗瑞则要指挥禁卫军麾下的特工与情报部门的维多利亚·汉德合作，抓捕那些外国政客亲属挂名的企业高层。
第一次清洗只是粗略地抓捕头目，现在这一次清洗则是彻彻底底要将征服地区洗刷成君主心中的模样。因此这场大清洗可以说是对整个巴尔干半岛的政治经济体制的巨大转变，但是得益于行政部门的高效工作，混乱并没有蔓延太广，针对行政体系的大清洗并未波及太多下层平民。现有通过民主投票选出的政客只要没有触犯原则性底线就大多得以保存，毕竟这些政客的作用就是坐在那个位置上听从拉托维尼亚的命令，为培养属于拉托维尼亚的当地人高层官员争取时间时间。有些工人惊讶地发现自己工作的公司在停业几天、换上了新的名字之后就重新开工，公司从上层到中层的所有管理人员全都换了个遍，所有工人过去的合同全都作废，一份更加有保障的合同被发到了他们的手里，也有许多原本因为担心自己失业的工人也在看到企业重新开业之后放弃了反抗，选择重新开始生产工作。
大清洗的第二目标就是军队。
巴尔干半岛这些国家的军队的战斗力非常糟糕，不仅缺乏训练，而且缺乏对先进武器设备的操作经验。北约的军事教官教授的战术条例依照的全都是美军在中东和阿富汗打治安战总结出来的经验与战术，在不拥有美军的绝对制空权的情况下，这种治安战战术并不适用现在的情况。但这并不是大问题，拉托维尼亚的战术操典能够很好的解决问题，真正的问题是常年来巴尔干半岛的军队十分依赖北约的军事援助，在于欧美军队常年接触中导致军队贪污腐败极度严重，军纪极度涣散，部分高层军官更是成为了拿着好几份津贴、依靠贩卖情报赚钱的间谍。
由于军队内部的事务不会影响到平民，因此当拉托维尼亚接手军队之后第一时间就开启了极为严厉的清洗。几乎所有高层军官都遭受堪比中情局手段的极端审问，大量中下层军官被新成立的军事法庭审判然后送进监狱，只有少部分被证明独善其身的好人才能够幸免于难并且被提拔，就连许多低级士兵都在经历问询之后被责令接受惩罚。身穿黑色大衣、头戴镶嵌着黄铜鹰徽的大檐帽的政委在宣读了军事法庭的审判结果之后，就在亲卫队的帮助下亲手处决了被判处死刑的军官。对军队清洗的第一天就有接近两百人被处决，而观看行刑的士兵中有不少人都认得被处决的军官。
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