一切准备就绪之后，杨屹给这些克隆战士安排了任务。
他们的使命不是去收复那些被战皇攻占的恒星系，也不是去找战皇决战，而是去搞清楚各个恒星系的情况，特别是战皇的活动情况，以及敌人在各个恒星系里做的事情，比如有没有对星球进行环境改造。
显然，杨屹没有想过靠一千名克隆战士扭转局面。
只是，杨屹同样没有因此而放弃反击的念头。
简单的说，他需要足够多的时间来对更多的战士进行改造，武装一支足够跟战皇匹敌的超级军队。在此期间，最为要紧的就是守住家园星系。因为敌人不可能一直按兵不动，所以必须在适当的时候发动反击，通过反击牵制敌人，从而获得足够多的时间，而发动反击需要的就是准确的情报。
因为其他恒星系全都沦陷，所以人类联邦的情报网络早已瘫痪。这一千名克隆战士执行的任务，其实就是去获取情报。在掌握了准确的情报之后，杨屹就能组织更多的克隆战士发动反击。
当然，克隆战士的行动由军部负责，也就是由玉明震负责，杨屹没有插手。
在送走了第一批完成改造的克隆战士后，杨屹开始对第二批战士进行改造，这次扩大到了三千人，而且有一千名人类战兵。与第一次改造一样，杨屹交给了阿伦，只是让军部提供了一台性能更强大的光脑，毕竟同时控制三千台改造设备需要处理更多的信息，也就需要运算能力更强的光脑。
因为有了之前的经验，所以第二批战士的改造工作只用了七天时间。
与第一批克隆战士一样，第二批战士在领到了皇级战机之后，也被派了出去，而且同样执行的是侦察任务。
杨屹的精力依然放在了改造上，第三批接受改造的战士达到了五千米，而且其中有一千名极境族战士。
显然，对于杨屹的安排，玉明震依然觉得无法理解，毕竟人类联邦有足够多的能够接受改造的战兵，完全没有必要动用极境族的战兵。只不过，玉明震也不敢说三道四，毕竟杨屹肯定有他的道理。再说了，极境族一直跟人类联邦并肩作战，总不能只是让极境族负责次要的事务吧。
只是，这次改造稍微麻烦了一点，对一千名极境族战士的改造工作由杨屹亲自操刀。
不是说极境人的身体构造与人类不同使得改造变得更难，而是意识上的问题。其实，改造所涉及到的也只是改造对象的个体意识，即改造对象有没有足够强大的意志力，能否承受改造所产生的影响。从某种方面来讲，这也是对世界的认知，或者说是对自我存在价值的一种认识。相对而言，人类战士的问题还不是很大，毕竟人类联邦在过去的数千年里一直生死边缘挣扎，所有人都浸染其中，由此所产生的影响深入到了每一个人的骨髓，而极境族一直和平繁盛，如果不是这场战争，极境族的绝大部分人都无法认识到战争的残酷性，也就谈不上什么牺牲精神。
所幸的是，极境族派来的是最精锐的战兵，而且全都有实战经验。
改造工作稍微复杂了一些，不过总体来说还算顺利，而且完成了改造之后的极境族战士并不比人类战士差。
当然，这也证明了杨屹的一个猜测，即只要符合改造的基本要求，任何一种智慧生物都能够通过改造获得强大的能力。甚至可以说，只要掌握了全部的信息，有合适的条件，能够通过改造让任何一种智慧生物成为傀儡那样的强大存在。
在第三批战士完成改造的时候，第一批战士陆续回到了家园星系。
虽然受到人手限制，他们的活动范围并不是很大，集中在附近两千光年之内，但是他们获得的情报却极为重要。
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