大脑是人类身体当中精密而脆弱的器官，坚硬的颅骨将脆弱的大脑保护在颅腔内。《新世纪福音战士》这个世界当中，科技的发展，已经触摸到了精神、灵魂的门槛，这是世界意志所不允许的。只有‘神’才能够创造灵魂，被世界意志所掌控的人类如果能够控制灵魂的话，那么人类不就成为‘神’一般的存在了么？
用‘莉莉丝’的身体细胞复制出来的EVA就像是一个使徒的空壳，在高科技的改造下，居然将碇唯的灵魂融入初号EVA内。创造除了能够对抗使徒的生物—EVA。为了能够让适格者能够如同操控自己身体一般的去操控EVA战斗，整个初号EVA身体里面遍布的脉络被一条条人造精神连接线所代替。所以在操作仓当中的适格者，能够感受到EVA所所受到的痛苦。这样的痛苦就好像发生在自己身上一样被传导到大脑里面。
所以，初号EVA受到水天使的攻击，坐在操作仓内的碇真嗣感同身受，就好像被人用利刃从眼眶刺穿，穿透颅骨一样。虽然眼球、颅骨都没有损伤，可是在大脑的潜意识里，自己的一只眼睛已经瞎了。被利刃从眼眶穿透颅骨，还能活么？潜意识当中，大脑发出濒临死亡的信号，碇真嗣也默认为自己将一步步走向死亡。
人们常说，当要走向死亡的那瞬间，人会看到自己生前的一切事物，所有的往事如同快进的无声电影一般，在眼前闪过。碇真嗣就好像站在一个黑暗的电影院当中，环绕着自己的是曾经一幕幕往事。
牙牙学语的自己，居然看到母亲那温柔的笑脸，自从母亲因为那场意外离开后，对于母亲的记忆就一直停留在照片当中。
蹒跚学步时，母亲温柔的指尖传来暖暖的温度。母亲脸上那淡淡的笑容，总是令自己怀念。
画面一转，出现了初号EVA那丑陋的大脸，母亲穿着一身跟自己一模一样的白色作战服，进入到操作仓内。“真嗣..你要乖乖哦.等妈妈下班就带你回家..”碇唯看着自己四岁大的儿子，温柔的说道。
“嗯..真嗣很乖，妈妈放心去工作吧。”幼时的碇真嗣像是个小大人一般安慰着妈妈。
当操作仓插入初号EVA体内时，紫色的机体好像发了疯一般挣扎，双手撕扯着自己身上那些紫色的超合金装甲，巨大的头部朝着地面撞去，好像在自残一般啃食自己的身体。鲜红的血液染红了那紫色的超合金装甲。当操作仓被解救出来时，舱门打开，里面却空无一人。年幼的碇真嗣眼睁睁的看着自己的母亲，消失在初号EVA里面。这让碇真嗣对这个紫色巨人心中充满了无穷的恨意。
接下来就是冷酷无情的父亲，冰冷的眼神跟对自己不闻不问的态度，短暂的一声，似乎只有在母亲身上体会到快乐。无穷的黑暗包围着自己，碇真嗣想要奋力奔跑逃出这个黑暗的世界，双脚奋力的奔跑..不知道跑了多久，眼前出现了一丁点白色的亮光.“出口么？”碇真嗣奋力朝着亮光处跑去。‘滴答滴答…’离着那光亮的出口似乎越来越近，碇真嗣耳边传来时钟行走的声音。一分一秒的时间在黑暗当中悄然流逝。
在‘第三新东京市’地下三百米深的NERV指挥中心内，那条代表着碇真嗣心跳的心电图也随着时间的流逝逐渐停顿当代表生命的心电图从波浪线渐渐成为一条直线时，画面好像定格住一般。‘嘀……..’精神承受能力超过载荷，大脑中错误的命令，让身体认为，颅骨被刺穿后，身体便进入死亡。在种种错误意识的压迫下，使得碇真嗣的心脏停止了跳动。
‘警报..警报..适格者生命特征正在下降..百分之八十..百分之七十..百分之六十..’NERV当中‘人工智能’电脑系统，冰冷冷的提示着坐在初号EVA操作仓内碇真嗣的身体数据。
“怎么会…难道就这样结束了吗？”葛城美里看着大屏幕上那条标示着坐在初号EVA操作仓内碇真嗣生命迹象的心电图变成一条直线的时候，整个人愣在那里。
相反，碇源渡非但没有因为画面上代表碇真嗣的心电图停止而沮丧，反而露出一丝久违的笑容。“呵呵..碇唯，该轮到你出场了！”
‘咚..咚..咚’碇真嗣微弱的心跳似乎正要宣告生命的终结时，耳边忽然听到了母亲的声音，“真….嗣…我的孩子..”声音虽然沙哑，但在黑暗中的碇真嗣确定这就是自己妈妈的声音没错。
“妈妈..你在哪里？妈妈..妈妈…”碇真嗣似乎忘掉了疼痛，昏昏欲睡间四处张望起来想要寻找母亲的身影。
“我不允许你伤害我的孩子..你这个怪物！！！我要杀了你….”碇唯那扭曲的面目，张开嘴似乎要发出怒吼一般，‘咔..咔嚓..’被水天使掌心的激光柱射穿头颅的初号EVA忽然动了起来。
站在一公里之外那栋楼顶上的李舍，眼神一凌，焕然大悟道“原来是这么样..碇源渡，你还真是可怕呢！”判定一个生物的死亡，‘旱魃’，‘僵尸’从来都是通过对方的生机光点判断的，表象能够迷惑人的眼睛，可是灵魂、生机光点却不会。当碇真嗣的生机光点逐渐暗淡下来的时候，初号EVA当中爆发出另外一个残破的生机光点，或者说是灵魂气息，将碇真嗣保护了起来。
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