瑷珲之战结束后，清帝国恢复了对黑龙江的防御。北洋陆军第五镇和第六镇接替第一镇和第二镇的防区，保持对江北俄军的警戒，双方从黑龙江南北两边向对方不断的实施袭扰和炮击。不过俄军因为有阿穆尔河舰队的内河炮舰的强大火力支援，因此在炮战当中，俄军占便宜。
第一镇和第二镇在瑷珲大战中受损，从前线撤到呼兰，就地休整。同时王士珍在附近就地征兵，补充第一镇和第二镇的兵力消耗。新兵就地训练，在老兵的带领下巡逻和驻扎松花江内河各个防御堡垒。骑一团和骑二团幸存的官兵组成教练团，从最近的兆南府征召科尔沁右中旗蒙古牧民作为骑兵兵源。由于蒙古牧民天生善于骑射，幸存的骑一团和骑二团官兵经过沙场血的洗礼后有经验，二者结合后骑一团和骑二团迅速重建起来。
奉天方向，北洋陆军第三镇和第四镇进驻后，接管了奉天防务。由于俄军方面没有动作，因此他们也没有主动去攻击俄军。
北洋陆军第七镇和第八镇原本也要开赴关外的，但王辰浩担心他的京津唐工业基地遭到俄国海军陆战队袭击，为了防止俄军在京津唐沿海登陆，第七镇和第八镇以拱卫京畿安全为由按兵不动。
清俄战争似乎就这样陷入了僵持当中，俄国远东舰队炮击中国沿海城市，但因为这些沿海城市大多数都是通商口岸，各国列强在这些城市里有着特殊的利益，事实上俄国海军只是做做样子，轰了两炮吓唬一下当地的清帝国官员而已。
随后，在法国的调停下，清俄两国重启谈判。俄方不再提出割占黑龙江省了，而是要求割让辽东半岛，赔偿军费一亿两，允许俄国军舰在各港口自由出入，允许俄舰队在华过冬。
这个条件还是非常苛刻和无理的，清帝国不接受，但俄国政府这次有了谈判的诚意，允许清政府花费五千万两白银赎回辽东半岛。
为了配合谈判，阿穆尔河舰队和阿富汗兵团第33师展开配合，向清军驻防的三江口方向发动了攻势。
所谓三江口，乃松花江与牡丹江会合后，在同江汇入黑龙江处，故又名混同江口。该地位于吉林省的东北角、黑龙江的东南角、沙俄阿穆尔州之南。江口有一块三角洲名为莫力洪，洲北为苏联领土，江口以南属于吉林省的同江县，江口以北属于黑龙江省的绥东县。如果溯松花江而上，沿途为富锦、桦川、汤原、依兰、方正、通河、宾县、木兰、巴彦、呼兰、哈勒金（哈尔滨），哈勒金是北洋陆军吉林省和黑龙江省两个战区的中心，也是东北的军事政治重镇，其地位之重要不言而喻。三江口距哈勒金七百二十华里，军舰往来只需要12个小时，如果三江口有失，则俄国舰队可在数日内抵达哈勒金城下。一旦哈勒金陷落，则在黑龙江省的北洋陆军第五镇和第六镇将三面受敌，危险不言而喻。
所以，不论俄军还是北洋陆军，两军的有识之士皆认为，三江口的地位极其重要。三江口，注定要经过血的洗礼才能平静。
库尔伯特金在陆战上的失利，导致他将重心转移到海军和内河作战上面来。由于黑龙江、松花江、嫩江在夏秋季节的水量丰富，给了江面作战极大的发挥空间。清帝国受限于瑷珲条约，在江面上只有几艘小炮艇，而俄军阿穆尔河舰队则拥有大量的炮舰、炮艇、布雷舰、扫雷舰，不但数量多，而且火力猛。尤其是两艘1300吨级浅水重炮舰诺夫格罗德号（Novgorod）和海军中将波波夫号(Vice-Admiral Popov)，搭载4门152毫米舰炮的移动堡垒，对岸防步兵和炮台工事的威胁极大。还有六艘佩伦级640吨级炮舰，以及5艘230吨级炮艇。这些炮舰虽然大多数都是六七十年代所建造，舰体有些老旧，不过俄国将其派往远东对付清帝国倒是歪打正着的非常合适。
俄军显然也意识到这一点，库罗伯特金将阿穆尔河区舰队配置于三江口外三角洲以北400米的俄国江岸，海军陆战队配置在江岸上，陆军一部则部署在纵深地区，这一切都没有刻意地隐瞒，清楚地向对面的清军方面表明了作战意图。
此时，清军方面在内河舰队上只有几艘小炮舰。江平、江安、江通、江津、江泰、江清六艘炮舰，从225吨到355吨不等，都是由内河明轮商船改造。排水量小，舰体弱（多为木壳），航速迟缓（4.5节-7.5节），武备最强的也只有2门英国维克斯47毫米炮和2挺机关枪，比起俄国阿穆尔舰队的炮舰都不如，更不用说浅水重炮舰了，根本就不是一个级别的，差距太大。
李鸿章命王士珍积极组织抵抗，争取再搓一次俄军威风，以便赢得谈判筹码，尽快结束战争。
王士珍深知这些小炮舰吓唬老百姓还可以，打起仗来根本不是俄舰队的对手，为了加强江面的火力，他又打起了改装军舰的主意。王士珍就地取材，从吉林军械局调来四门大口径江防炮，但因为各舰的吨位小，无法加装大口径江防炮（装上去就沉了）。于是他下令在一艘已经报废的商用驳船“东乙”号上安装了四门4.7英寸（120毫米）江防炮，并把“江亨”号上的员兵配备到驳船上操炮；由于“东乙”号没有动力，又由“江安”舰拖带，成为了一个秘密的流动水炮台，并被拖往江口附近的沼泽区，隐藏在那里以便提供炮火支援，可以根据战局的需要随意拖往任何地区。隐蔽工作做得很好，官兵们忍受着沼泽地里肆虐的蚊虫，耐心等待俄军的进攻。
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