汉武帝后期，国中已数起大疫。由于当时人认为，来自匈奴的胡巫及其诅咒是瘟疫的起源，因此引起武帝对胡巫的警惕。天汉二年秋，下诏“止禁胡巫祠道中者，大搜(捕)。”武帝多次派出专使钦差“直旨绣衣使者”纠察胡巫。这也是引发后来“巫蛊之祸”的来源。?巫蛊之祸，是发生于汉武帝晚年一次严重的宫廷变乱，其直接目标是搜寻和打击致人病蛊的胡巫。但由于扩大化，株连甚多，引发了激烈的宫廷政争，这场变乱最终导致武帝心爱的儿子、储君卫太子刘据之死难。如果究其原因，可以认为这也是由于匈奴搞生物战所间接引发的一次重大政治事变。
匈奴(胡巫)通过疫马和疫畜所施放的瘟疫，当时人称为“伤寒”。这种“伤寒”有两个病征，一是因发高热而苦寒，《黄帝内经》热病篇：“今夫热病者，皆伤寒之类也。”一是患者体有斑瘀(所以称为“伤”)，死亡率很高。(所谓“瘟疫”，即瘟病，瘟也是发热的意思。)?由于缺乏有效抗疫手段，自武帝后期开始，从西汉中期直到三国、魏晋的二百余年间，这种流行恶疫呈十年二十年的周期反复发作，频频不已，绵延不断。一个很触目惊心的数字是，中国的人口，直到六百多年后的隋文帝时代，才恢复到六千万人，勉强达到了文景盛世时代的数字，这六百年间，除去战乱，就是瘟疫的肆虐。
找到了样板，接下来就是如何治疗的问题了，好在这种瘟疫在古代不亚于前世的非典，所以历代名医莫不是花费了毕生的经历研究，治疗这种瘟疫。
如晋朝葛洪《肘后备急方》对温疫也有论述，认为“伤寒、时行、温疫，三名同一种。……其年岁中有疠气兼挟鬼毒相注，名为温病。”并立“治瘴气疫疠温毒诸方”一章，记载了辟瘟疫药干散、老君神明白散、度瘴散、辟温病散等治疗、预防温疫的方剂。
隋朝巢元方《诸病源候论#8226；疫疠病诸候》认为疫疠病“其病与时气、温、热等病相类，皆有一岁之内，节气不和，寒暑乖候，或有暴风疾雨，雾露不散，则民多疾疫。病无长少，率皆相似，如有鬼厉之气，故云疫疠病。”并认为岭南地区的青草瘴、黄芒瘴等瘴气也属疫疠病范围。并进一步指出：“此病皆因岁时不和，温凉失节，人感乖戾之气而生病，则病气转相染易，乃至灭门，延及外人，故须预服药及为法术以防之。”
唐朝孙思邈《千金要方#8226；卷九#8226；伤寒》立“辟温”一章，记载治疗温疫的方剂。
出于唐朝王冰以后的《素问》遗篇，认为温疫与五运六气变化异常有一定的关系，故有金疫、木疫、水疫、火疫、土疫“五疫”及“五疠”之称。说明古人已经意识到温疫的致病原因不同于一般的六淫外邪，而是一种疫毒之气。
宋代医家张从正《儒门事亲#8226；卷一#8226；立诸时气解利禁忌式三》：指出“又如正二三月，人气在上，瘟疫大作，必先头痛或骨节疼，与伤寒、时气、冒暑、风湿及中酒之人其状皆相类。慎勿便用巴豆大毒之药治之。……夫瘟疫在表不可下，况巴豆之丸乎。”对瘟疫的临床表现、治疗提出了自己的观点。
元朝医家朱丹溪《丹溪心法#8226；卷一#8226；温疫五》：“瘟疫众一般病者是，又谓天行时疫。治有三法：宜补，宜散，宜降。”
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