尤堪慨叹的是，“明祖定制，片板不许下海”，朱元璋的这些思想和措施都被立为“祖训”，要后世子孙奉行不渝。在朱元璋身后，海禁到永乐年才慢慢有些松弛，但始终未废除，可以说对大明的壮大又是一个重大影响。
最为重要的是朱元璋对商业的那一套就更行不通了，从汉唐到两宋，商人的地位还是在不断上升的，商业在国民经济的重要性，也越来越高，到南宋时，甚至已经取代农业，成为国库的来源之一，南宋疆土不及大明一半，却是养活了比大明还要多的人，在后期抵抗鞑子铁骑五十多年的战事，可以说南宋的商业功不可没，即便是鞑子朝廷，也对商业极为重视，可朱元璋建立大明后，由于自身的认识不够深刻，在与刘基讨论怎样减轻百姓负担时，说：“今日之计，当定赋以节用，则丨民力可以不困；崇本而祛末，则国计可以恒舒。”认为，节省开支可以减轻老百姓负担，使其不致陷于贫困；“崇本祛末”则国家财政可趋宽裕。洪武十八年九月，更说：“人皆言农桑衣食之本，然弃本逐末，鲜有救其弊者。先王之世，野无不耕之民，室无不蚕之女，水旱无虞，饥寒不至。自什一之途开，奇巧之技作，而后农桑之业废。一农执耒而百家待食，一女事织而百夫待之，欲人无贫，得乎？朕思足食在于禁末作。”把商业视为农业发展的严重障碍。抑商之意溢于言表。为此，他不惜定下种种规矩。
第一防止商人队伍扩大，千方百计阻止农民经商。苏、松、嘉、湖、杭五郡地狭人稠，“细民无田以耕，往往逐末利”，洪武三年，“令五郡民无田产者在临濠开种”。采取移民屯垦的方式阻断无田农民的经商之路。如果说，这种方式尚有较温和的仁政色彩的话，那么，在他晚年便散发着一股“血腥味”了。洪武二十四年，太原府代州繁峙县令上奏：本县有农民三百余户外逃，累岁招抚不还，乞令卫所追捕。朱元璋览奏后，谕户部：百姓安土重迁，假使衣食足给，岂肯轻去其乡？听其“随地占籍”，“若有不务耕种，专事末作者，是为游民，则逮捕之”。若离乡农民不务耕种，专营商业，则视为游手好闲、不务正业之人，准予逮捕。用暴力把农民重新赶回田园，不允许他们离开土地。使商人数量被限制在一定范围内。
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